Prevotella

À la suite de la reprise, déformée, d'un post émis la veille[2], par un article mis en ligne le 19 avril 2020 sur le site Israël Magazine, un message a circulé sur les réseaux sociaux faisant état d'une soi-disant découverte sur le lien entre Covid-19 et la bactérie Prevotella^{[Laquelle ?]}. Le 22 avril 2020, il n'existe aucune publication scientifique sur le sujet[3] et cette hypothèse n'a jamais pu être confirmée. Cette théorie, ainsi que celle qui expliquerait du même coup l'activité d'un antibiotique (l'azithromycine) sur un virus, sont niées par l'INSERM dans son point d'information[4].

Les recherches sur le microbiote humain montrent qu'après la naissance, l'intestin humain est peu à peu principalement colonisé par deux phylums de bactéries : Firmicutes et Bacteroidetes ; et principalement dominés par les genres Bacteroides et Prevotella, (qui auraient un ancêtre commun)[5].

Formellement, ces deux genres n'ont été différenciés qu'en 1990[6] mais leur classification est encore en cours (ex : Bacteroides melaninogenicus a été reclassé et divisé en Prevotella melaninogenica et Prevotella intermedia[7].

Chez l'Humain, la flore intestinale est dominée soit par le genre Prevotella soit par le genre Bacteroides, ce qui a fait suggérer que ces deux genres seraient, au moins dans une certaine mesure, antagonistes. Une autre hypothèse est que c'est ce que nous mangeons qui favorise l'un ou l'autre de ces genres bactériens. En effet, les analyses de selles montrent le genre Prevotella est plus fréquent dans les régions non-occidentalisées au régime riche en fruits, légumes et racines crus et cuits, alors que dans les pays industrialisés ou là où la viande est consommée en grande quantité, ce sont les bacteroides qui dominent... sauf dans deux cas : chez les végétariens et chez ceux qui suivent un régime méditerranéen (également riches en fruits et légumes).

Conformément, l'analyse génomique de Prevotella copri a montré que cette bactérie ne dispose pas des gènes codant les enzymes dégradant les glycanes de l'hôte, mais qu'elle et génétiquement équipé pour dégrader les glycanes végétaux[5].

En Afrique, 53 % des bactéries intestinales de jeunes enfants du Burkina Faso appartenaient au genre Prevotella, qui est absent chez les enfants européens du même âge[8].

Le régime alimentaire à long terme est connu pour être fortement associé à la composition du microbiote intestinal. Une nourriture riche en protéines et de graisses animales (typiques de l'alimentation occidentale) sélectionne des bactéries Bacteroides, alors qu'un régime riche en fibre et glucides favorise le genre Prevotella[9].

Des Prevotella ont été associées à l'inflammation intestinale. En particulier des populations accrues de P. copri semblent contribuer à une inflammation chronique chez les patients VIH. Un isolat d'espèce unique P. copri CB7 a été utilisé pour différentes études qui ont montré qu'il peut être bénéfique ou nuisible, selon le contexte[5].

Prevotella un genre comprenant une grande diversité d'espèces et pour chaque espèce on observe une grande diversité génétique entre les souches. Une étude récente sur Prevotella chez l'homme a comparé les répertoires de gènes des espèces selon les sites corporels de prélèvement (chez l'homme). Elle confirme un pan-génome ouvert avec une grande diversité du pool de gènes[10]. En plus des différences génétiques et globales propre au microbiote de l'hôte en général, la grande variété génétique de Prevotella rend difficile la prédiction de leur fonction, qui pourraient varier selon les individus et les contextes[5].

Certaines espèces du genre Prevotella sont aussi des commensaux vaginaux courants. L'augmentation de leur abondance sur la muqueuse vaginale a été associée à la vaginose bactérienne. Prevotella s'est avéré être le groupe bactérien le plus héréditaire du microbiome vaginal. Son abondance a été reliée à l'indice de masse corporelle de la femme, et au contexte hormonal.

Prevotella bivia produit des lipopolysaccharides et de l'ammoniaque qui sont des composantes naturelles du mucus vaginal. Cette bactérie a été associée à la production de cytokines épithéliales, et à une facilitation de la croissance d'autres organismes bactériens associés à la vaginose (ex : Gardnerella vaginalis). On a constaté que ce dernier stimulait à son tour la croissance de P. bivia[11].

Dans la bouche  ; Prevotella intermedia et Prevotella nigrescens ont été associés à des maladies parodontales inflammatoires, telles que la gingivite de type gravidique, la gingivite ulcéro-nécrotique aiguë et la parodontite ulcéro-nécrotique chez l'adulte[12]. Avec Porphyromonas gingivalis, elles sont connus comme des bactéries anaérobies à pigmentation noire. Toutes trois ont besoin d'hémine comme source de fer pour leur croissance. Il a été démontré que ces espèces se lient à la lactoferrine qui est libérée avec le contenu des neutrophiles lors de l'inflammation et des saignements chez les patients atteints de parodontite. La lactoferrine inhibe la croissance de P. gingivalis mais pas de certaines Prevotella[13]. Le fer inorganique et les protéines de liaison au fer telles que la transferrine et la lactoferrine ne favorisent pas la croissance de P. intermedia, mais les composés contenant de l'hémine et du fer (ex : hémine, hémoglobine humaine ou bovine, catalase bovine, stimulent la croissance de Prevotella intermedia. La protéine de liaison à l'hémoglobine sur la surface cellulaire de P.intermedia a été décrite[14].

Lien avec la polyarthrite rhumatoïde ? P. copri a été corrélé à l'apparition de la polyarthrite rhumatoïde[15].

Lien avec l'ostéomyélite ?; une prolifération de Prevotella et une réduction de Lactobacillus ont été corrélées avec l'apparition de l'ostéomyélite chez la souris de laboratoire. Si on réduit les Prevotella par un antibiotique adapté, on peut induire une augmentation de Lactobacillus montrant un effet protecteur contre l'ostéomyélite[16].

Agent synergique en cause dans certaines pneumonies ? le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (ou SARM), dont les souches ont sans doutes émergées dans les élevages de porcs et de volailles industriels, traités aux antibiotiques) est devenu une cause croissante et commune de pneumonie parfois sévère. Ce risque semble souvent liée à une mauvaise hygiène bucco-dentaire ou à une parodontite à Prevotella intermedia[17]. Dans un modèle murin de pneumonie (exposé à plusieurs souches cliniques nosocomiales de SARM) : en présence de Prevotella intermedia, les souris survivaient moins bien quand le taux de P. intermedia était élevé, et elles présentaient alors des charges bactériennes plus élevées dans les poumons, et une expression plus élevée de l'α-hémolysine (hla)[17].

• Ces effets n'ont pas été observés avec les souches de SARM produisant la leucocidine de Panton-Valentine[17] (ou LPV, une toxine soluble, capable de lyser les leucocytes, et qui est produite dans le staphylocoque par les gènes d'un bactériophage lysogénéisé, c'est-à-dire intégré dans le chromosome bactérien (prophage))[18].
• Ces effets n'ont pas non plus été observé avec les souches de SARM produisent la toxine du Syndrome du choc toxique (TSCT)[17].

Parallèlement les auteurs on montré (in vitro) que l'activité bactéricide des leucocytes polymorphonucléaires contre les souches nosocomiales de SARM était supprimée en présence de Prevotella intermedia, les staphylocoques dorés nosocomiaux proliféraient alors plus facilement dans les poumons. P intermedia semble interagir avec la toxine MRSA d'une manière dépendante de la souche, ce qui pourrait expliquer des variantes de la pathogenèse de la pneumonie sévère à SARM en présence de P intermedia[17].

Selon Catalogue of Life (23 avril 2020)[19] et ITIS (23 avril 2020)[1] :

Selon NCBI (23 avril 2020)[20] :

• (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Prevotella » (voir la liste des auteurs).

• (en) Référence BioLib : Prevotella Shah & Collins, 1990 (consulté le 23 avril 2020)
• (en) Référence Catalogue of Life : Prevotella Shah & Collins, 1990 emend. Willems & Collins, 1995 emend. Willems & Collins, 1995 (consulté le 14 décembre 2020)
• (fr+en) Référence EOL : Prevotella (consulté le 23 avril 2020)
• (fr+en) Référence GBIF : Prevotella Shah & Collins, 1990 emend. Willems & Collins, 1995 (consulté le 23 avril 2020)
• (en) Référence IRMNG : Prevotella Shah & Collins, 1990 (consulté le 23 avril 2020)
• (fr+en) Référence ITIS : Prevotella Shah & Collins, 1990 emend. Willems & Collins, 1995 (consulté le 23 avril 2020)
• (en) Référence NCBI : Prevotella Shah & Collins 1990 emend. Sakamoto & Ohkuma 2012 (taxons inclus) (consulté le 23 avril 2020)
• (en) Référence Tree of Life Web Project : Prevotella (consulté le 23 avril 2020)
• (en) Référence uBio : Prevotella Shah & Collins 1990 emend. Willems & Collins 1995 (consulté le 23 avril 2020)

• Ressources relatives à la santé :
  • (en) Medical Subject Headings
  • (cs + sk) WikiSkripta
• Ressources relatives au vivant :
  • Global Biodiversity Information Facility
  • (en) EPPO Global Database
  • (mul + en) iNaturalist
  • (en) Interim Register of Marine and Nonmarine Genera
  • (en) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
  • (en + en) New Zealand Organisms Register
  • (en) Système d'information taxonomique intégré

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