RpYN06

Le coronavirus de chauve-souris Rp YN06 lié au SRAS est un betacoronavirus qui infecte la chauve-souris Rhinolophus pusillus.

BatCov RpYN06

Classification
Type	Virus
Domaine	Riboviria
Règne	Orthornavirae
Embranchement	Pisuviricota
Classe	Pisoniviricetes
Ordre	Nidovirales
Sous-ordre	Cornidovirineae
Famille	Coronaviridae
Sous-famille	Orthocoronavirinae
Genre	Betacoronavirus
Sous-genre	Sarbecovirus
Espèce	SARSr-CoV

Forme

Bat SL-CoV RpYN06

Classification phylogénétique

Position :

Espèce : SARSr-CoV
- - - SARSr-CoV WIV1
    - SARSr-CoV RsSHC014
  - SARS-CoV-1 (agent du SRAS)
- - SARSr-CoV RaTG13
  - SARS-CoV-2 (agent de la COVID-19)[1]

Animal hôte :

chauve-souris
humain

C'est le deuxième plus proche parent connu du SARS-CoV-2 (après le RaTG13) avec une identité de séquence de 94,5 %. C'est en fait le coronavirus le plus proche parent du SRAS-CoV-2 dans la majeure partie du génome, mais il en diffère plus fortement par sa protéine spiculaire (S) (un schéma déjà observé sur les coronavirus apparentés RmYN02, ZC45, ZXC21)[2].

Description

La collecte de 411 échantillons de chauves-souris prélevés dans le Xian de Mengla, en Chine, entre mai 2019 et novembre 2020, a permis de restituer 24 génomes complets de coronavirus et d'identifier 3 nouveaux coronavirus apparentés au SARS-CoV-1 (RsYN03, RmYN07, RsYN09) et 4 autres apparentés au SRAS-CoV-2 dont le RpYN06 et 3 autres (RsYN04, RmYN05, RmYN08)[2].

Le RpYN06 est le coronavirus connu le plus proche du SARS-CoV-2 dans les parties suivantes du génome : ORF1ab, ORF7a, ORF8, N et ORF10. En revanche, il en diffère fortement au niveau du domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine S (qui permet au SARS-CoV-2 de se lier au récepteur ACE2 humain)[2].

Les coronavirus RsYN03, RmYN07 et RsYN09 peuvent s'y lier faiblement. Ils partagent en effet avec le SARS-CoV-2 deux des six acides aminés (L455 et Y505) jugés utiles pour permettre à ce dernier de s'y lier. En revanche le RpYN06 n'en possède qu'un : le Y505.

Similarité entre les gènes du coronavirus RpYN06 et SARS-CoV-2[2].
ORF	Similitude en nucléotides
ORF1a	97,05 %
ORF1b
S dont RBD	76.33 % 60.91 %
RdRp	98.36 %
E
M
NS6 / ORF6
NS7a / ORF7a	96,72 %
NS7b / ORF7b
NS8 / ORF8	97.54 %
N	97.70 %
ORF10	100 %

Position phylogénétique

Les relations phylogénétiques entre sarbecovirus dépendent de la partie du génome considérée. Si l'on ne considère que le gène S, le SARS-CoV-2 est proche du RaTG13 puis des sarbecovirus de pangolin alors que le RpYN06 forme un clade avec les ZXC21 et ZC45. Si on ne considère que le gène RdRp ou le gène ORF1ab, le RpYN06 est très proche du RmYN02 dans le groupe-frère du SARS-CoV-2.

L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le suivant[3]^,[4]^,[5] :

Rc-o319, proche à 81 % du SARS-CoV-2, Rhinolophus cornutus, Iwate, Japon (récolté en 2013, publié en 2020)[6]

	SL-ZXC21, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2015, publié en 2018)[7]

	SL-ZC45, 88 %, Rhinolophus pusillus, Zhoushan, Zhejiang (récolté en 2017, publié en 2018)[7]

SL-CoV-GX, 89 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est (récolté en 2017, publié en 2020)[8]

SL-CoV-GD, 91 %, Manis javanica, Asie du Sud-Est[9]

RacCS203, 91,5 %, Rhinolophus acuminatus, Chachoengsao, Thaïlande (métagénome de 4 coronavirus collectés en juin 2020, publié en 2021)[4]

	RmYN02, 93,3 %, Rhinolophus malayanus, Mengla, Yunnan (récolté en juin 2019, publié en 2020)[10]

	RpYN06, 94.4 %, Rhinolophus pusillus, Mengla, Yunnan (récolté en mai 2020, publié en 2021)[3]

	RshSTT182, 92,6 %, Rhinolophus shameli, Stoeng Treng, Cambodge (récolté en 2010, publié en 2021)[5]

	RaTG13, 96,1 %, Rhinolophus affinis, Mojiang, Yunnan (récolté en 2013, publié en 2020)[11]

SARS-CoV-2 (100 %)

SARS-CoV-1, proche à 79 % du SARS-CoV-2

Animal hôte :
chauve-souris
pangolin
humain

Voir aussi

SARSr-CoV

Notes et références

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « RaTG13 » (voir la liste des auteurs).

(en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, « Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic », Nature Microbiology, vol. 5, n^o 11,‎ novembre 2020, p. 1408-1417 (PMID 32724171, DOI 10.1038/s41564-020-0771-4, lire en ligne)
Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Tao Hu, Hao Song, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes, Weifeng Shi, « Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the 2 evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses », 8 mars 2021 (DOI 10.1016/j.cell.2021.06.008, consulté le 13 juin 2021)
Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Qihui Wang, Tao Hu, Hao Song, Runchu Zhao, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes et Weifeng Shi, « Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses », Cell,‎ juin 2021, S0092867421007091 (DOI 10.1016/j.cell.2021.06.008)
(en) S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1).
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(en) Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386).
(en) Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes, Alice C. Hughes, Yuhai Bi et Weifeng Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein », Current Biology, vol. 30, n^o 11,‎ juin 2020, p. 2196–2203.e3 (DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).
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(en) Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421).
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Liens externes

Bat coronavirus RaTG13, complete genome

Portail de la virologie

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[10.1038/s41564-020-0771-4-1] (en) Maciej F. Boni, Philippe Lemey, Xiaowei Jiang, Tommy Tsan-Yuk Lam, Blair W. Perry, Todd A. Castoe, Andrew Rambaut et David L. Robertson, « Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic », Nature Microbiology, vol. 5, n^o 11,‎ novembre 2020, p. 1408-1417 (PMID 32724171, DOI 10.1038/s41564-020-0771-4, lire en ligne)

[HZ2021-2] Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Tao Hu, Hao Song, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes, Weifeng Shi, « Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the 2 evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses », 8 mars 2021 (DOI 10.1016/j.cell.2021.06.008, consulté le 13 juin 2021)

[RpYN06-3] Hong Zhou, Jingkai Ji, Xing Chen, Yuhai Bi, Juan Li, Qihui Wang, Tao Hu, Hao Song, Runchu Zhao, Yanhua Chen, Mingxue Cui, Yanyan Zhang, Alice C. Hughes, Edward C. Holmes et Weifeng Shi, « Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses », Cell,‎ juin 2021, S0092867421007091 (DOI 10.1016/j.cell.2021.06.008)

[RacCS203-4] (en) S Wacharapluesadee, CW Tan, P Maneeorn, P Duengkae, F Zhu, Y Joyjinda, T Kaewpom, WN Chia, W Ampoot, BL Lim, K Worachotsueptrakun, VC Chen, N Sirichan, C Ruchisrisarod, A Rodpan, K Noradechanon, T Phaichana, N Jantarat, B Thongnumchaima, C Tu, G Crameri, MM Stokes, T Hemachudha et LF Wang, « Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. », Nature Communications, vol. 12, n^o 1,‎ 9 février 2021, p. 972 (PMID 33563978, PMCID 7873279, DOI 10.1038/s41467-021-21240-1).

[RshSTT-5] (en) Vibol Hul, Deborah Delaune, Erik A. Karlsson, Alexandre Hassanin, Putita Ou Tey, Artem Baidaliuk, Fabiana Gámbaro, Vuong Tan Tu, Lucy Keatts, Jonna Mazet, Christine Johnson, Philippe Buchy, Philippe Dussart, Tracey Goldstein, Etienne Simon-Lorière et Veasna Duong, « A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia », sur bioRxiv, 26 janvier 2021 (DOI 10.1101/2021.01.26.428212), p. 2021.01.26.428212.

[Rc-o319-6] (en) Shin Murakami, Tomoya Kitamura, Jin Suzuki, Ryouta Sato, Toshiki Aoi, Marina Fujii, Hiromichi Matsugo, Haruhiko Kamiki, Hiroho Ishida, Akiko Takenaka-Uema, Masayuki Shimojima et Taisuke Horimoto, « Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan », Emerging Infectious Diseases, vol. 26, n^o 12,‎ décembre 2020, p. 3025–3029 (DOI 10.3201/eid2612.203386).

[ZXC21-7] (en) Hong Zhou, Xing Chen, Tao Hu, Juan Li, Hao Song, Yanran Liu, Peihan Wang, Di Liu, Jing Yang, Edward C. Holmes, Alice C. Hughes, Yuhai Bi et Weifeng Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein », Current Biology, vol. 30, n^o 11,‎ juin 2020, p. 2196–2203.e3 (DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).

[GX-8] (en) Tommy Tsan-Yuk Lam, Na Jia, Ya-Wei Zhang, Marcus Ho-Hin Shum, Jia-Fu Jiang, Hua-Chen Zhu, Yi-Gang Tong, Yong-Xia Shi, Xue-Bing Ni, Yun-Shi Liao, Wen-Juan Li, Bao-Gui Jiang, Wei Wei, Ting-Ting Yuan, Kui Zheng, Xiao-Ming Cui, Jie Li, Guang-Qian Pei, Xin Qiang, William Yiu-Man Cheung, Lian-Feng Li, Fang-Fang Sun, Si Qin, Ji-Cheng Huang, Gabriel M. Leung, Edward C. Holmes, Yan-Ling Hu, Yi Guan et Wu-Chun Cao, « Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins », Nature, vol. 583, n^o 7815,‎ 9 juillet 2020, p. 282–285 (DOI 10.1038/s41586-020-2169-0).

[GD-9] (en) Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, Xiu-Feng Wan, Yan Hua, Linmiao Li, Jiabin Zhou, Xiaohu Wang, Fanghui Hou, Jing Chen, Jiejian Zou et Jinping Chen, « Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens, vol. 16, n^o 5,‎ 14 mai 2020, e1008421 (DOI 10.1371/journal.ppat.1008421).

[RmYN02-10] (en) H Zhou, X Chen, T Hu, J Li, H Song, Y Liu, P Wang, D Liu, J Yang, EC Holmes, AC Hughes, Y Bi et W Shi, « A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. », Current biology : CB, vol. 30, n^o 11,‎ 8 juin 2020, p. 2196-2203.e3 (PMID 32416074, DOI 10.1016/j.cub.2020.05.023).

[RaTG13-11] (en) Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL, « Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin », Nature, vol. 588, n^o 7836,‎ décembre 2020, E6 (PMID 33199918, DOI 10.1038/s41586-020-2951-z, lire en ligne).