Abbaye de Saint-Claude

Au début du V^e siècle, à l'âge de 27 ans, Romain de Condat, originaire d'Izernore dans le Haut-Bugey, est rejoint par son frère Lupicin de Lauconne dans son voyage au cœur des forêts du Jura en quête de spiritualité. Ils se dirigent en direction de Moirans-en-Montagne mais le lieu ne les satisfait pas. Ils décident de descendre jusqu'à la Bienne et de continuer en direction de Jeurre, déjà habité à cette époque, car c'était un point fortifié par les Romains pour contrôler le passage vers l'Helvétie. Arrivé aux alentours de Saint Claude, nommé alors Condat (qui signifie en celte, confluent, car situé au lieu où se rejoignent le Tacon et la Bienne), ils y fondent un ermitage à l'ombre d'une grotte et auprès d'un ruisseau nommé "la Rochette". Bientôt rejoint par d'autres, ils construisent des cellules au pied d'une petite colline et décident d'élaborer des règles de vie en s'inspirant de celles de saint Basile, de saint Pacôme et de l'œuvre de Cassien (cette règle prescrit un jeûne rigoureux autorisant la consommation de lait et d'œufs, ne laissant la viande qu'aux malades, les moines observent un silence presque continuel et la journée est consacrée au travail) ; la règle des bénédictins, ou moines noirs, ne sera appliquée qu'à la fin du X^e siècle. Leur communauté s'agrandissant très vite, ils se lancent dans l'édification de granges monastiques (probablement à Étables, Villard-Saint-Sauveur, Septmoncel et Cinquétral) destinées à l'exploitation agricole des terres défrichées[8], puis plus tard d'un deuxième lieu de culte à Saint-Lupicin, alors nommé Lauconne, dont Lupicin de Lauconne devient le premier abbé[9].

L'entretien de deux monastères et des nombreux moines qu'ils abritent devenant difficile dans ces contrées désertes, les deux frères accompagné d'un disciple nommé Pallade partent au devant du roi Chilpéric alors à Genève pour solliciter son aide : "Prince, nous sommes les serviteurs du grand Dieu, avec son aide, nous avons pénétré au milieu de la forêt du Jura, pour y vivre dans l'état monastique. Seuls d'abord, et uniquement appliqués à nos saints exercices, nous n'avons pas tardé à voir arriver auprès de nous, des divers points de la contrée, une jeunesse nombreuse et animée du plus vif désir de servir Dieu dans la solitude, il nous a fallu céder à leurs instances réitérées. Devenus les pères de ces ouailles que le divin Pasteur nous a confiées, nous leur donnons la nourriture spirituelle ; mais comme nous n'avons ni terres, ni revenus, la nourriture corporelle leur manque quelquefois, et c'est pourquoi nous avons recours à votre libéralité". Le monarque fit don de terres, d'une dotation annuelle de blé, de vin et de cent sous d'or. De là les trois hommes se dirigèrent vers Agaune, alors simple sanctuaire, pour vénérer les reliques des martyrs de la légion thébaine. Avant d'entreprendre le voyage de retour la légende raconte que Romain fonda le monastère de Romainmôtier[9].

Chapelle de Saint-Romain-de-Condat à Pratz

À l'image de ses frères, Iole (ou Yole[10]), qui veut également consacrer sa vie à servir Dieu, vient rejoindre l'abbaye de Condat où ils la reçoivent et l'installent comme abbesse au monastère de la Balme, ou la Baume, à Pratz, autrefois nommé Saint-Romain-de-Roche. Les moniales se doivent de vivre dans la plus sévère retraite, elles ne peuvent pas même recevoir leurs parents, ni leur écrire. C'est ce lieu qui recevra la dépouille de saint Romain, conformément à son vœu, avant qu'elle ne rejoigne Saint-Claude lors de la destruction de la Balme ; son frère sera inhumé à Saint-Lupicin où, en 1689, lors du déplacement du maître-autel, il fut découvert une tombe contenant des ossements et une lame de plomb sur laquelle était gravé : "hic requiescit beatus Lupicinus abbas (ici repose le bienheureux Lupicien, abbé)"[9].

Dès le IX^e siècle un diplôme de Charles II le Chauve au sujet des reliques de Lupicin stipulant que "dans ce lieu repose le corps du bienheureux Lupucien (In ipsid cellâ Corpus beati Lupicini jacet)", vient préciser que le monastère de Saint-Lupicin est à cette époque déjà un prieuré comme le montre l'utilisation du mot "cellâ, qui depuis le concile d'Aix-la-Chapelle en 817 accorde aux abbés le droit d'avoir de petits monastères nommé "cellà". Quant à celui de la Balme, aujourd'hui Pratz, il devenait un prieuré probablement depuis l'invasion des Sarrasins qui sous la conduite d'Abd al-Rahmân au VIII^e siècle ravage la Bourgogne[9].

Saint Oyend (450 - 510), nommé aussi Eugendus, naît dans le milieu du V^e siècle. À l'âge de six ans, il part s'instruire sous la direction de Romain et de Lupicin qui viennent de fonder le prieuré de Condat et le confient à saint Viventiole, alors moine dans ce lieu. Après le décès des deux pères fondateurs, l'abbé qui prend la tête du monastère choisit comme coadjuteur Oyend. Quelques années plus tard, ce dernier lui succède naturellement. La renommée des ermites attirant des disciples de plus en plus nombreux, l’ermitage originel se transforme peu à peu en communauté monastique. Au début du VI^e siècle, Oyend, le quatrième abbé, régularise la vie communautaire selon la règle de Tarnate (nom originel de l'abbaye d'Agaune puis fixe une règle portant son nom avec notamment l'usage de la psalmodie perpétuelle). Il s'entoure également d'érudits dont Viventiole. Après sa mort survenue vers le début de la soixantaine, son successeur, Antidiole, fait bâtir une église sur sa tombe. La renommée de cet abbé donne alors son nom à l’abbaye : Saint-Oyend de Joux[11].

Alors que les trois monastères vivent paisiblement en ce VI^e siècle, un incendie ravage celui de Condat. Devant quitter leur lieu de prière, les moines trouvent refuge dans celui de Lauconne (Saint-Lupicin). Oyend en profite pour relever entièrement son abbaye détruite. Composée jusqu'alors de petites cellules individuelles, il les remplace par des dortoirs spacieux et l'oratoire primitif laisse place à une église. L'époque bénéficie d'un calme propice à l'essor des trois abbayes et au développement de leurs écoles et de leurs bibliothèques, toutes deux si renommées que Charles II le Chauve, roi des Francs, confiera à l'un de leurs élèves, devenu moine, la direction du monastère de son palais. Dans le même élan, l'abbé Antidiole envoie deux de ses religieux, Aubert et Didier, dans la région de Saint-Point-Lac. Condat participe ainsi à la fondation des villages de L'Abbaye et de Villers-sous-Chalamont ainsi que de ce qui deviendra plus tard l'abbaye de sainte Marie-Madeleine du Lac et celle de Goaille[9].

C'est sous l'autorité d'Olympe, sixième abbé de Condat, que sont posées les fondations de la ville de Saint-Claude, qui prendra le nom de Saint-Oyand-de-Joux jusqu'au XIII^e siècle en succession de Condat. Les premières maisons voient le jour au lieu-dit "les Moulins" pour, petit à petit, se rapprocher du monastère et une chapelle est construite sur une éminence au nord de l'abbaye, en l'honneur de saint Étienne, pour permettre aux laïcs de suivre l'office, car à cette époque, ils ne peuvent y participer qu'à certains jours solennels. La population augmentant régulièrement et s'ajoutant aux nombreux religieux qui peuplent le lieu, l'abbé Sapient se voit obliger de faire transformer la chapelle en église, malheureusement, quelques années plus tard, un incendie la ravageait, elle fut rebâtie sous l'invocation, cette fois, de saint Romain et existait encore peu après la révolution de 1790. Au cours du VIII^e siècle, grâce à l'estime qu'avait Pépin le Bref envers l'abbé Hippolyte, le monastère est agrandi et le grand cloître érigé, permettant de faire communiquer l'ancienne église avec celle de Saint-Pierre ; dans le même temps, des terres lui sont données dans le diocèses de Langres, Mâcon et Châlon, permettant d'y établir des prieurés. Au XVI^e siècle, à la suite d'un incendie, le monastère et le palais abbatial sont restaurés par l'abbé Ferdinand de Rye. Cet édifice, adossé à la nouvelle église et à celle de Saint-Claude, forme une des façades de la place Saint-Pierre, les trois autres côtés sont occupés par la cathédrale et les maisons des religieux. Cette place, ornée d'une fontaine, s'ouvre sur la ville par une porte flanquée de la "tour de l'horloge" qui sert de prison. Trois autres portes permettent l'accès à l'abbaye, l'une sur le chemin de Genève par Septmoncel, l'autre sur le chemin des Bouchoux et la dernière sur la rue Neuve. L'abbaye présente une enceinte carrée, armée de tours. Les logements des religieux sont spacieux et possèdent des jardins. Avec la nomination du cardinal d'Estrées sur le siège d'abbé en 1680, vient le temps de la construction du nouvel hôpital de Saint-Claude, en remplacement de l'ancien hospice plusieurs fois détruit. Le 19 juin 1799, un gigantesque incendie fait quatre-vingts victimes et détruit la ville, alimenté dans sa progression par les "tavaillons" (tuiles en bois de pin et non en ardoise) qui couvrent tous les toits. À 12h45, ce jour-là, une colonne de fumée s'élève d'une maison située en haut de la rue du "pré", le brasier, alimenté par un vent d'est très violent, se lance en direction du couvent des Carmes. De là, il se répand dans la rue "Poyat" dont les nombreux magasins l'alimentent et s'avance dans le faubourg qu'il parcourt rapidement. Le couvent des Capucins, pourtant à l'opposé, est à son tour la proie des flammes, avant qu'il ne fonde sur la cathédrale, puis se rue sur l'hôpital dont les malades devront la vie sauve à l'infirmier nommé Vincent. Dans cette ville de quatre mille habitants, il ne reste que quelques maisons debout, dont celle de Jacquet qui avait réussi à subtiliser le bras de saint Claude avant la destruction de la relique par le représentant Lejeune[9].

La renommée de Condat allait grandissant à tel point que Lothaire I^er, empereur d'Occident, appelait l'abbé Remi auprès de lui pour être pourvu du titre d'archichapelain. Ce titre donne ainsi le pas à l'abbé de Condat sur tous les évêques et archevêques de l'empire et l'octroi du rôle d'arbitre dans les affaires ecclésiastiques. En ayant la charge de cet office particulier Remi ne peut donc pas gouverner Condat tant sa présence auprès de l'empereur est indispensable, aussi confie-t-il la direction de son monastère à un fidèle nommé Mannon. Celui-ci participe à l'épanouissement de l'école de Condat qui devient un vivier d'érudits, ceux de ses élèves qui peuvent être envoyé à l'université sont pris en charge financièrement par l'abbaye. Pour parfaire cette estime réciproque entre le monarque et l'abbé de Condat, l'empereur lui remet un diplôme en 852 confirmant l'affranchissement pour l'abbaye de l'état de dépendance où elle se trouvait alors, il la rétablissait dans tous ses droits acquis par ses prédécesseurs et se portait dorénavant comme protecteur du monastère : "c'est pourquoi, pour le bien de notre âme, faisant droit à la demande de l'archevêque Remy, nous maintenons les moines dudit monastère dans leurs possessions, afin qu'ils en jouissent sous notre autorité, et cela de telle sorte que ceux qui le gouverne ne puissent jamais en être évincés en quoi que ce soit". À cette époque les terres appartenant à l'abbaye sont celles de Molinges, de Viry, de Dortan, de Borbonce, de Salaise, de Chavane, de lect, de Lauconne, de Sessia, de Coisia, de Céligna, de Martigna, de Moirans, de Chancia, de Meussia, d'Onoz, d'Attigna, d'Ambutrix... L'abbé Remi avait été nommé évêques de Lyon aussi son successeur, en la personne d'Aurélien, occupe-t-il le même poste ainsi que celui d'archichapelain. Ce dernier abbé fut chargé de relever le monastère d'Ainay alors en ruine et pour ce faire il envoya plusieurs religieux de Condat[9].

Dans le courant du X^e siècle, en adoptant la règle de saint Benoît, l'abbaye se place sous l'autorité directe du souverain pontife, d'ailleurs le pape Pascal II en 1100 place l'abbaye sous sa protection et permettait à l'abbé de porter la mitre et l'anneau. À partir de 952 l'abbé Bozon pris soin de la mettre sous la protection d'Othon I^er, roi de Germanie, lui permettant ainsi de devenir un fief de l'empire. Ce monarque maintient l'affranchissement du monastère ainsi que le droit d'élire leur abbé. Avec Gausserand c'est un renouveau pour Saint-Oyand-de-Joux car il engage d'importants fonds pour relever les bâtiments qui avaient souffert du passage des Normands. Peu de temps après il y recevait Simon de Vexin chassé par Philippe I^er de ses terres, voulant se retirer du monde Simon et quelques-uns de ceux qui l'avaient accompagné se retiraient vers les montagnes et y fondaient un ermitage qui deviendra le village de Mouthe. Dans ces temps tumultueux il devint nécessaire pour le monastère de se protéger de ses voisins belliqueux et d'assurer la protection de ses biens, aussi l'abbé Odon I^er met sur pied des milices commandées par un prévôt ou capitaine d'armes dans chaque village à l'image de ce qui se faisait en Suisse[9].

Avec la nomination d'Adon II sur le siège de Saint-Oyand-de-Joux vient le temps des intrigues et de l'indiscipline, décrit comme capricieux et dispendieux il ne put subvenir à ses besoins qu'en vendant ou en engageant les domaines du monastère. Malgré l'intervention de Pierre II de Tarentaise il fallut celle du pape pour déposer l'abbé fautif, pour ce faire le souverain pontife s'appuya sur une lettre de saint Bernard : "Le noble monastère de Saint-Oyant, fameux autrefois par ses richesses et sa piété, touche à sa ruine. S'il faut croire tout ce qu'on en raconte, le mal est si grand que je dois renoncer à vous en faire le détail; les deux religieux qui vont déposer leurs plaintes aux pieds de votre Sainteté, s'acquitteront de ce devoir. L'un d'eux, nommé Archegande, prieur du monastère de Condat, est un homme de bien pour lequel j'ai conçu depuis longtemps une sincère affection; il vous dira que, dans presque tous les monastères ou prieurés de la congrégation, les édifices sont en partie détruits, en partie sur le point d'être abandonnés ; que les moines gémissent du peu de retenue de leur abbé, désigné par l'opinion publique comme auteur de tous les maux qui les désolent: ces maux sont tels qu'il ne faut rien moins que le glaive apostolique, jusqu'ici trop lent à frapper, pour les extirper entièrement. En vous les signalant j'ai délivré mon âme ; mais ce n'est pas assez, il faut que le monastère le soit aussi. C'est à vous qu'il appartient d'opérer cette délivrance, sa mort et sa vie sont entre vos mains". Adon II est donc remplacé par Aymond qui obtient l'appui de Frédéric Barberousse, Empereur romain germanique, ce dernier par un diplôme de 1184 confirme tous les anciens titres de l'abbaye l'augmentant du droit de "battre monnaie". Pour raviver la foi de tous l'abbé fit exhumé le corps de Saint Claude dont le tombeau avait auparavant attiré un grand nombre de croyants et semblait être le lieu de plusieurs miracles. Le corps de Claude y reposait parfaitement conservé. Transféré dans une châsse en bois il est dit qu'il opéra la résurrection d'un enfant ayant péri étouffé dans la foule le jour de la cérémonie. En 1243 c'est au tour de l'abbé Humbert de Buenco de faire une nouvelle translation après avoir fait fabriquer une châsse cette fois en argent. En 1448, en 1699 et en 1754 la châsse sera encore ouverte et encore une fois et il sera observé la parfaite conservation de la dépouille. La renommée du saint est si grande que Louis XI, déjà venu en tant que dauphin, fera encore deux voyages pour se recueillir sur son tombeau en 1456 et en 1482 ; puis en 1499 c'est au tour d'Anne de Bretagne d'y venir en pèlerinage. Après la révolution de 1789 le représentant Lejeune, fraichement arrivé à Saint-Claude, s'empressa de faire détruire la relique du saint le 7 mars 1794, Lejeune accompagné de deux gendarmes brisèrent le corps en plusieurs morceaux et le transportèrent à l'écart de la cathédrale pour le brûler dans la cheminée d'une chambres du couvent des Carmes alors transformé en auberge, le lendemain un des domestiques y retrouvait des ossements et un crâne ; seul un de ses bras, perdu pendant le forfait, put être sauvé par un habitant. Devant les protestations que soulevait ce méfait Lejeune fit jeter dans la Bienne, à l'endroit nommé "les Coinchettes" les restes du saint homme[9].

Procès-verbal de l'ouverture de la châsse en 1754

Claude de Besançon

L'an mil sept cent cinquante-quatre, le jourd'hui vingt auguste, à deux heures de relevée, Nous, Joseph de Meallet de Fargues, premier évêque de Saint-Claude, comte de Lyon, conseiller du Roi en tous ses conseils, etc., savoir faisons que conformément à notre ordonnance en date du présent jour, portant indication de notre visite des reliques du corps de saint Claude, qui repose dans l'église qui porte son nom, et autres y renfermés, et aux conclusions de notre promoteur dudit jour, nous nous serions transportés dans ladite église de Saint-Claude, accompagné de notre Chapitre et de, etc., etc. Dans laquelle église étant tous arrivés, après avoir fait notre prière, on nous aurait ouvert la châsse où repose le corps de saint Claude, placée derrière le maître-autel, dans laquelle châsse nous aurions trouvé un corps qui nous a paru extrêmement ancien, en entier à l'exception d'une partie du petit doigt de la main droite, savoir: la troisième phalange de ce doigt; que la partie cartilagineuse du nez nous a paru endommagée, et la partie gauche de la lèvre supérieure un peu plus retirée que la partie opposée, avec une élasticité dans toute la partie du bas-ventre; depuis les côtes de la poitrine jusque audit bas-ventre, tout y est palpable et élastique; que la langue a paru vermeille, ce qui a été vu, reconnu, attesté et signé par Messieurs désignés ci-dessus, qui nous ont accompagné dans notre visite, mesdits sieurs les médecins et chirurgiens jurés royaux s'étant réservé de faire leurs rapports en particulier, sur ce qu'ils ont vu et remarqué sur le corps de saint Claude, lesquels rapports seront insérés à la fin de notre procès-verbal. Ainsi fait, lu et passé les jour, mois et an que dessus, et à l'instant la châsse a été fermée, scellée du sceau de nos armes et de celui de Messieurs du Chapitre, lesquels sceaux ne seront levés que le vingt-six du courant, lors de la translation desdites reliques (si le cas échéait) en notre présence, celle de mesdits sieurs du Chapitre et des témoins cidevant nommés. Signés à l'original, Vuillerme du Châtillonnais, doyen, et les mêmes que plus bas.

S'ensuivent les rapports de Messieurs les médecins et chirurgiens jurés royaux, qui nous ont accompagné dans notre visite avec les ci-devant dénommés.

Nous soussignés Claude-François Vuillerme du Chàtillonnais, Claude-François-Constanl Ileymondet, Jean Claude Vuillerme, Jean-Bapliste David, Benoit Voisin, d'Annecy, docteurs en médecine; Jean-François Forestier, lieutenant de M. le premier chirurgien du Roi; Joseph-Alexis David, ancien chirurgien-major du régiment de Fouquet, cavalerie; Claude-Philippe Bonguiod et Modeste Bavoux, chirurgiens, à la prière et invitation d'illustrissime et révérendissime Monseigneur l'évêque de Saint-Claude, nous sommes transportés dans l'église de Saint-Claude, où nous avons vu et examiné en présence de tous Messieurs les témoins ci-dessus, avec attention, le corps de saint Claude, renfermé dans une châsse de bois garnie de lames d'argent en figures anciennes, placé derrière le maître-autel, que nous avons reconnu être d'une grandeur ordinaire humaine; chaque partie ayant gardé ses connexions et situations naturelles, avec une palpabilité et élasticité dans les parties membraneuses, musculeuses et tendineuses, tels que l'abdomen, les jambes et les cuisses; enfin en entier dans son tout, à la réserve de la partie cartilagineuse ou inférieure du nez, et de presque les trois phalanges qui formaient le petit doigt de la main droite, qui parait avoir été arraché de force. Les téguments paraissent un peu brunis, surtout les pieds et les bras, probablement par le souffle du concours d'un peuple dévot, qui se présente au moins deux fois par jour pour baiser ses pieds à nu à l'ouverture de la châsse. Nous avons de plus remarqué que, n'y ayant eu ni ouverture ni secture faite sur son corps, n'exhalant aucune odeur aromatique ou balsamique, nous ne pouvons nous dispenser de juger qu'il n'a jamais été embaumé, et que son incorruptibilité, pendant un laps de temps aussi considérable que celui de près de douze siècles, que la tradition nous apprend qu'il y a, dès sa mort, étant au-dessus de la conception et des lumières de notre art, nous ne pouvons la contempler qu'avec admiration comme surnaturelle et miraculeuse; ce que nous certifions vrai. En foi de quoi nous avons signé à Saint-Claude, le vingtième jour du mois d'auguste de l'an mil sept cent cinquante-quatre. Signé à l'original, Vuillerme, doyen, Reymondet, médecin ; Vuillerme, médecin ; David, médecin ; Benoit Voisin, docteur et professeur de la chirurgie d'Annecy en Savoie ; Forestier, lieutenant de M. le premier chirurgien du Roi ; David, ancien chirurgien-major; Bonguiod et Bavoux[9].

 

En cette période troublée qu'est le XIII^e siècle l'abbé Hugues I^er dut solliciter la protection de Rodolphe I^er, roi des Romains, qui lui vient en aide en donnant le titre d'avoué (personne chargée de la protection et de la représentation juridique d'une institution ecclésiastique) à Jean I^er de Chalon-Arlay en 1291. Déjà quelque temps avant son prédécesseur avait reçu des mains du pape Innocent IV la bulle pontificale fixant le poullié (ou catalogue) des bénéfices dépendant de l'abbaye permettant ainsi de fixer de manière irrévocable ses possessions. En 1299 l'abbé Étienne I^er donne la montagne de Saint-Cergues à son père Humbert de Villars à charge pour lui d'y édifier une forteresse afin que les religieux puissent s'y réfugier et se défendre contre les agresseurs, du côté de la vallée de Mijoux c'était chose faite grâce à l'association que Guillaume III avait faite avec le baron de Gex. À cela il faut ajouter plusieurs places fortes inféodées du côté de la France. Dans le même temps il est décidé de fortifier l'abbaye en construisant un fort relié à son enceinte, la ville fut fermée de murailles et flanquée de tours, de cette époque semble daté la bourgeoisie de Saint-Claude. Pour parfaire cet édifice les abbés conclurent une association en 1301 avec Amédée V de Savoie comte de Savoie[9].

L'abbaye était un des premiers chapitres nobles de France : l'abbé pouvait anoblir et faire grâce aux criminels, et avait droit de mainmorte sur tout le domaine de l'abbaye, appelé Terre de Saint-Claude, à l’exception de quelques territoires francs. Ce servage, tardif par rapport à d'autres seigneuries, s'est constitué progressivement à partir du XIII^e siècle et s'est étendu et généralisé dans la période entre 1350 et 1420. Les serfs de l'abbaye étaient soumis à la mainmorte, devaient la taille et des corvées[12].

Ce servage étant devenu insupportable au siècle des Lumières, les habitants intentèrent un procès au chapitre cathédral, héritier de l’abbaye, avec Christin comme avocat. Ce procès mémorable marqua les esprits : Voltaire fit contre elle une campagne aussi vaine qu'acharnée, et Louis XVI en personne ne put faire plier le chapitre qui obtint gain de cause devant le Parlement de Besançon, en 1775. Cet us féodal ne fut aboli qu'à la Révolution[9].

Le XIV^e siècle nait avec le droit de bourgeoisie de la ville et donc la liberté individuelle, ainsi une administration municipale est formée avec à sa tête des échevins détendeur de la police de la ville. Ce siècle verra aussi le Grand Schisme d'Occident diviser le catholicisme et l'installation d'un pape à Avignon, en se rangeant au côté de Clément VII l'abbé Guillaume V de la Baume se voit nommé au siège d'évêque de Sion. Grâce à cette affectation, et aux dons considérable de Jean de La Grange, l'abbaye peut se lancer dans la construction de la nouvelle église de Saint-Pierre qui sera terminée en 1726. Mais avant cela, en 1512, un gigantesque incendie détruisit l'église de Saint-Claude, autre édifice religieux de la ville qui avait succédé à l'abbaye de Condat primitive. En peu de temps tout fut en flamme et se propagea aux bâtiments voisins pour courir dans la ville[9].

Le défaut de limites entre le comté de Bourgogne et la Savoie prédispose les terres du monastère à de fréquentes invasions tant et si bien que les deux souverains demandent l'arbitrage de l'abbé de Saint-Claude. Un traité est conclu, des bornes placées et le maintien de Saint-Cergues, de la vallée des Dappes et du haut Jura confirmés à l'abbaye. À ces guerres de souveraineté il faut ajouter celles internes au monastère qui verront s'affronter Gérard de Chauvirey et Guy VII d'Usier, ce qui ne manquera pas de faire sombrer les religieux dans les excès et l'oubli des règles. Le pape Nicolas V doit intervenir en envoyant des religieux chargés de remettre bon ordre dans ce lieu. Les anciennes règles de vie sont réhabilitées, le nombre de religieux est limité à trente six, le silence est prescrit avec rigueur et les sorties fortement limitées. Dans le même temps que sont mis en place les statuts de l'abbaye celle-ci doit faire face aux incursions des Suisses[9].

Au XVII^e siècle, lors de la guerre de Trente Ans, la Franche-Comté est envahie. Les villes de Salins et Pontarlier subissent les assauts du duc de Saxe-Weimar tandis que Saint-Claude voit s'approcher le comte de Nassau, lieutenant du duc. Devant l'importance des troupes le capitaine de Lezay, commandant de la Terre de Saint-Claude, prend la fuite livrant la ville et l'abbaye à son sort. Alors que les troupes étrangères épargnent le monastère ce sont les français, sous le commandement de Philippe de La Mothe-Houdancourt lieutenant du roi, qui s'avance avec quatre cents chevaux et cinq cents hommes à pied. au fur et à mesure de leur approche, ils pillent et incendient les villages. Le monastère alors déserté est livré au pillage malgré la défense expresse de s'en prendre aux biens de l'église. Saint-Claude fit il un nouveau miracle ? Toujours est-il que le trésor et les bâtiments furent épargnés[9].

Croix pectorale des premiers chanoines de Saint-Claude de 1742 à 1750

Avec la venue sur le siège d'abbé de Louis de Bourbon-Condé vient l'époque de la sécularisation de l'abbaye. Pour ce faire le chapitre dressa un projet en quarante trois points dont il ressort que les religieux conserveraient leurs droits et privilèges, que les prébendes monacales (qui représentent les bénéfices ecclésiastiques du chanoine) seraient remplacées par quatre dignités (prévôt, chantre, chancelier et trésorier) et seize canonicats séculiers (les chanoines séculiers sont des clercs qui restent propriétaires de leurs biens), que les menses abbatiale et capitulaire resteraient distinctes et que les membres du chapitre porteraient le titre de chapelain du saint-Siège avec la croix pectorale, l'habit violet, la mitre et l'anneau. Ce projet ne reçut pas l'approbation complète de François Paul de Neufville de Villeroy, alors archevêque de Lyon, aussi avec l'accord du président du conseil de Louis de Bourbon-Condé il était décidé la création d'un évêché prise sur la partie franc-Comtoise de celui de Lyon ; le 22 janvier 1742 est érigé le diocèse de Saint-Claude[9].

À partir du XIII^e siècle ne peuvent être admis comme religieux que ceux qui sont noble et peuvent prouver seize quartiers de noblesse, c'est-à-dire remonter jusqu'à la quatrième génération du côté paternel et maternel[9].

• Histoire de l'abbaye de St-Claude: depuis sa fondation jusqu'à son érection en évêché, volume 1 (de l'origine jusqu'à 1186), Ferroul-Montgaillard, édition F. Gauthier, 1834, [lire en ligne]
• Histoire de l'abbaye de St-Claude: depuis sa fondation jusqu'à son érection en évêché, Volume 2 (de 1186 à 1742), Ferroul-Montgaillard, édition F. Gauthier, 1855, [lire en ligne]
• Histoire littéraire de la France: ouvrage commencé par des religieux bénédictins de la Congrégation de Saint Maur, François Clément, Antoine Rivet de la Grange, Charles Clémencet, Pierre Claude François Daunou, Barthélemy Hauréau, Paul Meyer, édition Académie des inscriptions & belles-lettres, Imprimerie nationale, 1735 p.  60 à 61, 656 à 676, [lire en ligne]
• Joseph Paul Augustin Benoît, Histoire de l'abbaye et de la Terre de Saint-Claude, Montreuil-sur-mer, vol. I, 1890, vol. II, 1892
• Vincent Corriol, Les serfs de Saint-Claude. Etude sur la condition servile au Moyen Âge, Rennes, Presses Universitaires de Rennes, 2009, 398 p. (ISBN 978-27535-0957-3)
• François Martine, , Paris, Editions du Cerf, Sources chrétiennes N°142, 1968, 534 p.

• Liste des abbayes et monastères
• Palais abbatial de Saint-Claude

• Notice dans un dictionnaire ou une encyclopédie généraliste :

  • Dictionnaire historique de la Suisse
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