ORF9c

ORF9c (ويسمى كذلك ORF14) هو إطار قراءة مفتوح (ORF) في جُنيس فيروسات كورونا بيتا السارسية (Sarbecovirus).[1] طوله 73 كودون في جينوم سارس-كوف-2.[2] رغم أنه مضمن في قائمة جينات البروتينات الملحقة الخاصة بالفيروسات السارسية، إلا أن دلائل من المعلوماتية الحيوية تقترح بأن الـORF9c قد لا يكون جينا مشفرا لبروتين وظيفي.[3]

بروتين فيروس كورونا غير الموصوف 14
معرف
رمز bCoV_Orf14
قاعدة بيانات عوائل البروتينات PF17635
إنتربرو IPR035113

التسمية

كان هنالك عدم توافق في التسمية المستخدمة لهذا الجين في المنشورات العلمية. أُشير إليه في بعض الأبحاث حول سارس-كوف بالاسم ORF14.‏[4] وسمي في بعض الأحيان ORF9b، بينما جاره الطويل ORF9b المتواجد عكس الاتجاه سُمي ORF9a. التسمية الحالية الموصى بها هي أن يُشار إلى هذا الجين بـORF9c وللجين الموجود عكس الاتجاه بـORF9b.‏[2]

التعبير والتآثرات

ORF9c هو أحد جينين متداخلين اثنين يتواجدان كليا داخل إطار القراءة المفتوح الخاص بجين القفيصة النووية لفيروس كورونا، والآخر هو ORF9b. غير واضح ما إذا كان ORF9c يُترجم وظيفيا أثناء الإصابة بسارس-كوف-2، وقد أُبلغ أنه لا تتم ترجمته تحت الظروف التجريبية.[5] حين يُعبر عنه تجريبيا، يتآثر البروتين مع مستقبلات سيغما [الإنجليزية] ومع مسار عامل نووي معزز لسلسلة كابا الخفيفة في الخلايا البائية النشطة.[1][6] يقوم بروتين سارس-كوف بتآثرات ذاتية وهو ما يوحي بأنه يشكل مثنوي بروتين أو قليل قسيمات.[7]

التطور

لدى ORF9c تماثل تسلسل يقدر بـ74% بين سارس-كوف وسارس-كوف-2.[1]

تم تحديد متحوراتٍ لسارس-كوف-2 فيها كودونات توقف مبتسرة وأخرى فقدت كودون البداية الخاص بها، وتسلسل الأحماض الأمينية غير منحفظ جيدا بينها، وهو ما يدعم فرضية أن هذا الجين لا يشفر بروتينا وظيفيا.[3][6]

مراجع
  1. Redondo, Natalia؛ Zaldívar-López, Sara؛ Garrido, Juan J.؛ Montoya, Maria (07 يوليو 2021)، "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns"، Frontiers in Immunology، 12: 708264، doi:10.3389/fimmu.2021.708264، PMC 8293742، PMID 34305949.
  2. Jungreis, Irwin؛ Nelson, Chase W.؛ Ardern, Zachary؛ Finkel, Yaara؛ Krogan, Nevan J.؛ Sato, Kei؛ Ziebuhr, John؛ Stern-Ginossar, Noam؛ Pavesi, Angelo؛ Firth, Andrew E.؛ Gorbalenya, Alexander E.؛ Kellis, Manolis (يونيو 2021)، "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution"، Virology، 558: 145–151، doi:10.1016/j.virol.2021.02.013، PMC 7967279، PMID 33774510.
  3. Jungreis, Irwin؛ Sealfon, Rachel؛ Kellis, Manolis (ديسمبر 2021)، "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes"، Nature Communications، 12 (1): 2642، doi:10.1038/s41467-021-22905-7، PMC 8113528.
  4. Marra, Marco A.؛ Jones, Steven J. M.؛ Astell, Caroline R.؛ Holt, Robert A.؛ Brooks-Wilson, Angela؛ Butterfield, Yaron S. N.؛ Khattra, Jaswinder؛ Asano, Jennifer K.؛ Barber, Sarah A.؛ Chan, Susanna Y.؛ Cloutier, Alison؛ Coughlin, Shaun M.؛ Freeman, Doug؛ Girn, Noreen؛ Griffith, Obi L.؛ Leach, Stephen R.؛ Mayo, Michael؛ McDonald, Helen؛ Montgomery, Stephen B.؛ Pandoh, Pawan K.؛ Petrescu, Anca S.؛ Robertson, A. Gordon؛ Schein, Jacqueline E.؛ Siddiqui, Asim؛ Smailus, Duane E.؛ Stott, Jeff M.؛ Yang, George S.؛ Plummer, Francis؛ Andonov, Anton؛ Artsob, Harvey؛ Bastien, Nathalie؛ Bernard, Kathy؛ Booth, Timothy F.؛ Bowness, Donnie؛ Czub, Martin؛ Drebot, Michael؛ Fernando, Lisa؛ Flick, Ramon؛ Garbutt, Michael؛ Gray, Michael؛ Grolla, Allen؛ Jones, Steven؛ Feldmann, Heinz؛ Meyers, Adrienne؛ Kabani, Amin؛ Li, Yan؛ Normand, Susan؛ Stroher, Ute؛ Tipples, Graham A.؛ Tyler, Shaun؛ Vogrig, Robert؛ Ward, Diane؛ Watson, Brynn؛ Brunham, Robert C.؛ Krajden, Mel؛ Petric, Martin؛ Skowronski, Danuta M.؛ Upton, Chris؛ Roper, Rachel L. (30 مايو 2003)، "The Genome Sequence of the SARS-Associated Coronavirus"، Science، 300 (5624): 1399–1404، doi:10.1126/science.1085953.
  5. Finkel, Yaara؛ Mizrahi, Orel؛ Nachshon, Aharon؛ Weingarten-Gabbay, Shira؛ Morgenstern, David؛ Yahalom-Ronen, Yfat؛ Tamir, Hadas؛ Achdout, Hagit؛ Stein, Dana؛ Israeli, Ofir؛ Beth-Din, Adi؛ Melamed, Sharon؛ Weiss, Shay؛ Israely, Tomer؛ Paran, Nir؛ Schwartz, Michal؛ Stern-Ginossar, Noam (07 يناير 2021)، "The coding capacity of SARS-CoV-2"، Nature، 589 (7840): 125–130، doi:10.1038/s41586-020-2739-1.
  6. Gordon, David E.؛ Jang, Gwendolyn M.؛ Bouhaddou, Mehdi؛ Xu, Jiewei؛ Obernier, Kirsten؛ White, Kris M.؛ O’Meara, Matthew J.؛ Rezelj, Veronica V.؛ Guo, Jeffrey Z.؛ Swaney, Danielle L.؛ Tummino, Tia A.؛ Hüttenhain, Ruth؛ Kaake, Robyn M.؛ Richards, Alicia L.؛ Tutuncuoglu, Beril؛ Foussard, Helene؛ Batra, Jyoti؛ Haas, Kelsey؛ Modak, Maya؛ Kim, Minkyu؛ Haas, Paige؛ Polacco, Benjamin J.؛ Braberg, Hannes؛ Fabius, Jacqueline M.؛ Eckhardt, Manon؛ Soucheray, Margaret؛ Bennett, Melanie J.؛ Cakir, Merve؛ McGregor, Michael J.؛ Li, Qiongyu؛ Meyer, Bjoern؛ Roesch, Ferdinand؛ Vallet, Thomas؛ Mac Kain, Alice؛ Miorin, Lisa؛ Moreno, Elena؛ Naing, Zun Zar Chi؛ Zhou, Yuan؛ Peng, Shiming؛ Shi, Ying؛ Zhang, Ziyang؛ Shen, Wenqi؛ Kirby, Ilsa T.؛ Melnyk, James E.؛ Chorba, John S.؛ Lou, Kevin؛ Dai, Shizhong A.؛ Barrio-Hernandez, Inigo؛ Memon, Danish؛ Hernandez-Armenta, Claudia؛ Lyu, Jiankun؛ Mathy, Christopher J. P.؛ Perica, Tina؛ Pilla, Kala Bharath؛ Ganesan, Sai J.؛ Saltzberg, Daniel J.؛ Rakesh, Ramachandran؛ Liu, Xi؛ Rosenthal, Sara B.؛ Calviello, Lorenzo؛ Venkataramanan, Srivats؛ Liboy-Lugo, Jose؛ Lin, Yizhu؛ Huang, Xi-Ping؛ Liu, YongFeng؛ Wankowicz, Stephanie A.؛ Bohn, Markus؛ Safari, Maliheh؛ Ugur, Fatima S.؛ Koh, Cassandra؛ Savar, Nastaran Sadat؛ Tran, Quang Dinh؛ Shengjuler, Djoshkun؛ Fletcher, Sabrina J.؛ O’Neal, Michael C.؛ Cai, Yiming؛ Chang, Jason C. J.؛ Broadhurst, David J.؛ Klippsten, Saker؛ Sharp, Phillip P.؛ Wenzell, Nicole A.؛ Kuzuoglu-Ozturk, Duygu؛ Wang, Hao-Yuan؛ Trenker, Raphael؛ Young, Janet M.؛ Cavero, Devin A.؛ Hiatt, Joseph؛ Roth, Theodore L.؛ Rathore, Ujjwal؛ Subramanian, Advait؛ Noack, Julia؛ Hubert, Mathieu؛ Stroud, Robert M.؛ Frankel, Alan D.؛ Rosenberg, Oren S.؛ Verba, Kliment A.؛ Agard, David A.؛ Ott, Melanie؛ Emerman, Michael؛ Jura, Natalia؛ von Zastrow, Mark؛ Verdin, Eric؛ Ashworth, Alan؛ Schwartz, Olivier؛ d’Enfert, Christophe؛ Mukherjee, Shaeri؛ Jacobson, Matt؛ Malik, Harmit S.؛ Fujimori, Danica G.؛ Ideker, Trey؛ Craik, Charles S.؛ Floor, Stephen N.؛ Fraser, James S.؛ Gross, John D.؛ Sali, Andrej؛ Roth, Bryan L.؛ Ruggero, Davide؛ Taunton, Jack؛ Kortemme, Tanja؛ Beltrao, Pedro؛ Vignuzzi, Marco؛ García-Sastre, Adolfo؛ Shokat, Kevan M.؛ Shoichet, Brian K.؛ Krogan, Nevan J. (16 يوليو 2020)، "A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing"، Nature، 583 (7816): 459–468، doi:10.1038/s41586-020-2286-9، PMC 7431030.
  7. von Brunn, Albrecht؛ Teepe, Carola؛ Simpson, Jeremy C.؛ Pepperkok, Rainer؛ Friedel, Caroline C.؛ Zimmer, Ralf؛ Roberts, Rhonda؛ Baric, Ralph؛ Haas, Jürgen (23 مايو 2007)، "Analysis of Intraviral Protein-Protein Interactions of the SARS Coronavirus ORFeome"، PLoS ONE، 2 (5): e459، doi:10.1371/journal.pone.0000459، PMID 17520018.
  • بوابة علم الوراثة
  • بوابة الكيمياء الحيوية
  • بوابة علم الفيروسات
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.