ORF9b

ORF9b (سمي سابقا في بعض الأحيان ORF13) هو جين يشفر بروتينا ملحقا في جُنيس فيروسات كورونا بيتا السارسية (Sarbecovirus) الذي يشمل سارس-كوف وسارس-كوف-2. وهو جين متداخل إطار القراءة المفتوح الخاص به مضمن كليا في جين بروتين القفيصة النووية لفيروس كورونا.[2][3][4] طول البروتين الناتج منه 97 حمض أميني في سارس-كوف[2][3] و98 حمض أميني في سارس-كوف-2 وفي كلا الفيروسين ييشكل مثنوي بروتين.

بروتين فيروس كورونا بيتا المرتبط بالليبيد
بنية علم البلورات السيني لمثنوي بروتين ORF9b الخاص بسارس-كوف، تُظهر جزيء الليبيد في التجويف المركزي (أصفر). من ببب: 2CME​.[1]
معرف
رمز bCoV_lipid_BD
قاعدة بيانات عوائل البروتينات PF09399
إنتربرو IPR018542

التسمية

كان هنالك عدم تواقف في المنشورات العلمية حول التسمية المستخدمة للإشارة إلى هذا الجين. أُشيرإليه في بعض الأعمال حول سارس-كوف بالـORF13. وأُشير إليه أحيانا بـORF9a وهو ما نتج عنه تسمية إطار آخر مع الاتجاه طوله 76 كودونا في سارس كوف بـORF9b والذي يتداخل كذلك مع جين القفيصة النووية. التسمية الموصى بها تشير إلى الإطار الأكبر بـORF9b وإلى الإطار الأصغر مع الاتجاه بـORF9c.[5]

البنية

بروتين الـORF9b طوله 97 حمض أميني في سارس-كوف[2][3] و98 في سارس-كوف-2.[4] ويشكل مثنويا متجانسا غنيا بصحائف بيتا يملك تجويفا كارها للماء في مركزه يرتبط مع الليبيدات.[2][3][4] يمكن أن يعمل التجويف المرتبط بالليبيد كآلية غير اعتيادية لإرساء البروتين على الأغشية.[1]

جزء من بروتين ORF9b الخاص بسارس-كوف-2 تم تحديده بنويا في مركب مع TOM70، وفيه يشكل بروتين ORF9b لولب ألفا بدل بنية صحيفة بيتا الملاحظة عند العزل.[6] سلوك تغيير التطوي هذا متوافق مع تنبؤاتٍ من المعلوماتية الحيوية ويحدث كذلك في نديده لدى سارس-كوف.[7]

التعبير والتموقع

ORF9b هو أحد جينين اثنين متداخلين يتواجدان كليا داخل إطار القراءة المفتوح الخاص بجين القفيصة النووية، والآخر هو ORF9c. يُعبر عن ORF9b بواسطة مسح راشح للريبوسوم من جينوم الرنا الفرعي ثنائي السيسترون الخاص به.[2][3][8] على عكس جاره ORF9c، طوله محفوظ جيدا بين الفيروسات البائية السارسية ويوجد دليل قوي على أنه جين مشفر لبروتين وظيفي.[9]

في سارس-كوف، يتموقع هذا البروتين في الشبكة الإندوبلازمية [3] وفي الحويصلات داخل الخلوية.[1][2] لا يحتوي على تسلسل نقل إلى النواة [الإنجليزية] لكن يمكنه الدخول إلى نواة الخلية عبر الانتشار اللافاعل، ويملك تسلسل تصدير من النواة يمكنه من مغادرة النواة.[2][3] أُبلغ أنه في سارس-كوف يرتبط بغشاء المتقدرة.[4]

الوظيفة

وظيفة ORF9b غير محددة جيدا، وهو غير ضروري لتضاعف الفيروس..[2]

تآثرات مع البروتينات الفيروسية

أُبلغ أن بروتين ORF9b يتآثر مع العديد من البروتينات الفيروسية منها: ORF6، البروتين اللابنيوي 5، البروتين اللابنيوي 14 وبروتين الغلاف.[2] تم اكتشافه في فيرونات سارس-كوف الناضجة وبالتي يمكن أن يكون بروتينا بنيويا ثانويا.[2][3][8]

تأثيرات على الخلية المضيفة

يمكن أن يكون لبروتين ORF9b دور في تعديل الاستجابة المناعية للمضيف. أُبلغ أن بروتين سارس-كوف-2 يثبط استجابة الإنترفيرون عبر تآثرات مع Tom70 وهو أحد مكونات مركب ترانسلوكاز الغشاء الخارجي [الإنجليزية] للمتقدرة.[6][10]

مراجع
  1. Meier, Christoph؛ Aricescu, A. Radu؛ Assenberg, Rene؛ Aplin, Robin T.؛ Gilbert, Robert J.C.؛ Grimes, Jonathan M.؛ Stuart, David I. (يوليو 2006)، "The Crystal Structure of ORF-9b, a Lipid Binding Protein from the SARS Coronavirus"، Structure، 14 (7): 1157–1165، doi:10.1016/j.str.2006.05.012، PMC 7126280، PMID 16843897.
  2. Liu, Ding Xiang؛ Fung, To Sing؛ Chong, Kelvin Kian-Long؛ Shukla, Aditi؛ Hilgenfeld, Rolf (سبتمبر 2014)، "Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses"، Antiviral Research، 109: 97–109، doi:10.1016/j.antiviral.2014.06.013، PMC 7113789، PMID 24995382.
  3. McBride, Ruth؛ Fielding, Burtram (07 نوفمبر 2012)، "The Role of Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)-Coronavirus Accessory Proteins in Virus Pathogenesis"، Viruses، 4 (11): 2902–2923، doi:10.3390/v4112902، PMC 3509677، PMID 23202509.
  4. Redondo, Natalia؛ Zaldívar-López, Sara؛ Garrido, Juan J.؛ Montoya, Maria (07 يوليو 2021)، "SARS-CoV-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns"، Frontiers in Immunology، 12: 708264، doi:10.3389/fimmu.2021.708264، PMC 8293742، PMID 34305949.
  5. Jungreis, Irwin؛ Nelson, Chase W.؛ Ardern, Zachary؛ Finkel, Yaara؛ Krogan, Nevan J.؛ Sato, Kei؛ Ziebuhr, John؛ Stern-Ginossar, Noam؛ Pavesi, Angelo؛ Firth, Andrew E.؛ Gorbalenya, Alexander E.؛ Kellis, Manolis (يونيو 2021)، "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution"، Virology، 558: 145–151، doi:10.1016/j.virol.2021.02.013، PMC 7967279، PMID 33774510.
  6. Gao, Xiaopan؛ Zhu, Kaixiang؛ Qin, Bo؛ Olieric, Vincent؛ Wang, Meitian؛ Cui, Sheng (ديسمبر 2021)، "Crystal structure of SARS-CoV-2 Orf9b in complex with human TOM70 suggests unusual virus-host interactions"، Nature Communications، 12 (1): 2843، Bibcode:2021NatCo..12.2843G، doi:10.1038/s41467-021-23118-8، PMC 8121815، PMID 33990585.
  7. Porter, Lauren L. (أغسطس 2021)، "Predictable fold switching by the SARS‐CoV ‐2 protein ORF9b"، Protein Science، 30 (8): 1723–1729، doi:10.1002/pro.4097، PMC 8242659، PMID 33934422.
  8. Xu, Ke؛ Zheng, Bo-Jian؛ Zeng, Rong؛ Lu, Wei؛ Lin, Yong-Ping؛ Xue, Liang؛ Li, Li؛ Yang, Lei-Lei؛ Xu, Chen؛ Dai, Jie؛ Wang, Fei؛ Li, Qing؛ Dong, Qing-Xi؛ Yang, Rui-Fu؛ Wu, Jia-Rui؛ Sun, Bing (يونيو 2009)، "Severe acute respiratory syndrome coronavirus accessory protein 9b is a virion-associated protein"، Virology، 388 (2): 279–285، doi:10.1016/j.virol.2009.03.032، PMC 7103405، PMID 19394665.
  9. Jungreis, Irwin؛ Sealfon, Rachel؛ Kellis, Manolis (ديسمبر 2021)، "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes"، Nature Communications، 12 (1): 2642، Bibcode:2021NatCo..12.2642J، doi:10.1038/s41467-021-22905-7، PMC 8113528، PMID 33976134.
  10. Jiang, He-wei؛ Zhang, Hai-nan؛ Meng, Qing-feng؛ Xie, Jia؛ Li, Yang؛ Chen, Hong؛ Zheng, Yun-xiao؛ Wang, Xue-ning؛ Qi, Huan؛ Zhang, Jing؛ Wang, Pei-Hui؛ Han, Ze-Guang؛ Tao, Sheng-ce (سبتمبر 2020)، "SARS-CoV-2 Orf9b suppresses type I interferon responses by targeting TOM70"، Cellular & Molecular Immunology، 17 (9): 998–1000، doi:10.1038/s41423-020-0514-8، PMC 7387808، PMID 32728199.
  • بوابة علم الوراثة
  • بوابة الكيمياء الحيوية
  • بوابة علم الفيروسات
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.