ORF3c

ORF3c هو جين يتواجد في الجُنيس فيروسات كورونا البائية السارسية (Sarbecovirus) التي تشمل سارس-كوف وسارس-كوف-2. تم تحديده أول مرة في جينوم سارس-كوف-2 ويشفر بروتينا لابنيويا طوله 41 حمض أميني غير معروف الوظيفة.[1][2][3] وهو متواجد كذلك في جينوم سارس-كوف لكن لم يتم التعرف عليه حتى تم تحديد نديده في سارس-كوف-2.[4]

ORF3c
معرفات
الكائن SARS-CoV-2
الرمز ORF3c
يونيبروت P0DTG1
معلومات أخرى

التسمية

كان هنالك خلط كبير في المنشورات العلمية حول التسمية المستخدمة للإشارة إلى البروتينات الملحقة لسارس-كوف-2، خاصة تسمية عدة جينات متداخلة في الـORF3a.[4] أشير إلى البروتين المحتمل إنتاجه من جين ORF3c على الأقل مرة واحدة «بالبروتين 3b»،[5] لكن لا يجب خلطه مع ناتج الجين ORF3b غير المماثل له.[4] وُصف هذا الجين كذلك بأسماء مثل "ORF3h"[2] وORF3a.iORF1.‏[6] التسمية الموصى بها لهذا الجين في سارس-كوف-2 هي ORF3c.[4]

علم الجينوم المقارن

ORF3c هو جين متداخل يتداخل إطاره المفتوح مع كل من ORF3a وORF3d في جينوم سارس-كوف-2. ويشكل هذا الأمر مثالا نادرا على إمكانية وجود ثلاث إطارات قراءة مفتوحة في نفس التسلسل تشفر بروتينات وظيفية.[4][7]

تقترح تحاليل المعلوماتية الحيوية لتسلسلات فيروسات كورونا البائية السارسية أن تسلسل وطول ORF3c محفوظين جيدا، وتشير إلى أنه على الأرجح يشفر بروتينا وظيفيا.[1][2][3] ويبدو أنه عرضة وهدف لاصفاء تنقية [الإنجليزية].[1][7]

الخصائص

أكدت تجارب برفلة الريبوسوم أن جين ORF3c يُعبر عن ناتج جيني.[6] يُعتقد أن هذا البروتين القصير نسبيا الذي طوله 41 حمض أميني يحتوي على نطاق عبر غشائي يملك ميزات تقترح بأنه فيروبورين.[2]

مراجع
  1. Firth (01 أكتوبر 2020)، "A putative new SARS-CoV protein, 3c, encoded in an ORF overlapping ORF3a"، Journal of General Virology، 101 (10): 1085–1089، doi:10.1099/jgv.0.001469.
  2. Cagliani؛ Forni؛ Clerici؛ Sironi (سبتمبر 2020)، "Coding potential and sequence conservation of SARS-CoV-2 and related animal viruses"، Infection, Genetics and Evolution، 83: 104353، doi:10.1016/j.meegid.2020.104353، PMC 7199688.
  3. Jungreis؛ Sealfon؛ Kellis (ديسمبر 2021)، "SARS-CoV-2 gene content and COVID-19 mutation impact by comparing 44 Sarbecovirus genomes"، Nature Communications، 12 (1): 2642، doi:10.1038/s41467-021-22905-7، hdl:1721.1/130581.
  4. Jungreis؛ Nelson؛ Ardern؛ Finkel؛ Krogan؛ Sato؛ Ziebuhr؛ Stern-Ginossar؛ Pavesi؛ Firth, Andrew E.؛ Gorbalenya, Alexander E.؛ Kellis, Manolis (يونيو 2021)، "Conflicting and ambiguous names of overlapping ORFs in the SARS-CoV-2 genome: A homology-based resolution"، Virology، 558: 145–151، doi:10.1016/j.virol.2021.02.013، hdl:1721.1/130363.
  5. Pavesi (يوليو 2020)، "New insights into the evolutionary features of viral overlapping genes by discriminant analysis"، Virology، 546: 51–66، doi:10.1016/j.virol.2020.03.007، PMC 7157939.
  6. Finkel؛ Mizrahi؛ Nachshon؛ Weingarten-Gabbay؛ Morgenstern؛ Yahalom-Ronen؛ Tamir؛ Achdout؛ Stein؛ Israeli, Ofir؛ Beth-Din, Adi؛ Melamed, Sharon؛ Weiss, Shay؛ Israely, Tomer؛ Paran, Nir؛ Schwartz, Michal؛ Stern-Ginossar, Noam (07 يناير 2021)، "The coding capacity of SARS-CoV-2"، Nature، 589 (7840): 125–130، doi:10.1038/s41586-020-2739-1.
  7. Nelson؛ Ardern؛ Goldberg؛ Meng؛ Kuo؛ Ludwig؛ Kolokotronis؛ Wei (01 أكتوبر 2020)، "Dynamically evolving novel overlapping gene as a factor in the SARS-CoV-2 pandemic"، eLife، 9: e59633، doi:10.7554/eLife.59633، PMC 7655111.
  • بوابة علم الوراثة
  • بوابة الكيمياء الحيوية
  • بوابة علم الفيروسات
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.