SARS-CoV-2 chez les animaux

Depuis 2002, la propension des coronavirus « à traverser la barrière des espèces » (au détriment des humains parfois) ne fait plus de doute. Par exemple, le Coronavirus humain OC43[43] (dit : HCoV-OC43) est un Betacoronavirus qui infecte les humains et les bovins[44] et dont l'ancêtre pourrait être un coronavirus « bovin » ayant - par mutation aléatoire - acquis une aptitude à infecter l'Homme. Selon l'horloge moléculaire de ce virus, son émergence est relativement récente (leur ancêtre commun le plus récent est daté de 1890 environ)[34]. Le SARS-CoV-2 résulte lui-même d'une recombinaison virale d'un virus de chiroptère dans un animal intermédiaire lui ayant permis d'échapper au cycle animal-animal, en infectant l'être humain, à la faveur de mutations adaptatives qui ont converti un virus de chauve-souris en pathogène efficace chez l'Humain[45].

Les espèces de familles animales proches de l'Homme ont plutôt plus de risque d'être infectées mais le fait d'appartenir à une même famille n'a pas de liens systématique avec le risque, par exemple au sein de la famille des Cricetiadae, la souris sauvage ne semble pas réceptive au virus alors que le hamster le contracte facilement[46].

La référence faite au SRAS par la dénomination « SARS-CoV-2 » reflète le groupement phylogénétique auquel il appartient plutôt qu'il ne lie ce virus à la maladie SRAS chez l'humain (le SARS-CoV-2 n'est pas un descendant du SRAS-CoV, mais il en est un cousin génétiquement très proche)[47].

Les coronavirus appartiennent à la sous-famille des Orthocoronavirinae de la famille des Coronaviridae et de l'ordre des Nidovirales.

Cette sous-famille comprend à ce jour quatre genres de coronavirus[48] ; responsables d'infections courantes ou plus exceptionnelles chez de nombreuses espèces aviaires (Ɣ-CoV, ẟ-CoV) et de mammifères (α-CoV, β-CoV, Ɣ-CoV), dont chez l'humain et les singes[49] :

Comme nouveaux animaux de compagnie (NACs) les furets font partie des animaux potentiellement porteurs de CoV et proches de l'Homme.

En 2020, il y aurait environ 500 000 « furets domestiques » en France[101]; selon l'OIE, « Les études sur les épreuves virulentes chez l’animal montrent que les furets sont également sensibles à l’infection, ce qui est important car ce sont des animaux de compagnie »[111].

Le Furet est aussi un animal de laboratoire, notamment utilisé pour l'étude de Coronavirus (ou de vaccins), en raison de sa sensibilité à ce type de virus notait déjà l'OIE en avril 2020[111]

• Furets : il est très utilisé comme modèle animal pour la grippe, pour d'autres coronavirus. Il est utilisé pour prototyper des vaccins contre le Sars-CoV-2.
  Une expérience chinoise a inoculé des furets par deux souches du coronavirus; l'une isolée sur un malade humain et l'autre prélevée sur le marché humide de Wuhan. Les furets sont tombés malades, certains devenant fiévreux et perdant l'appétit (10-12 jours après l'inoculation). L'un d'entre eux est mort et d'autres ont développé la maladie de manière asymptomatique[2]. Le virus s'y réplique au moins dans les voies respiratoires supérieures, durant huit jours, sans forme sévère ni généralement mortelle[2]. Curieusement, alors que les virus grippaux et d'autres coronavirus antérieurs (SRAS humain) se répliquent à la fois dans les voies respiratoires supérieures et inférieures du furet[2]^,[112]^,[113]^,[114]^,[115], dans le cas du nouveau SARS-CoV-2, la partie basse des poumons était tout à fait épargnée (aucun virus détecté dans les lobes pulmonaires, même après une inoculation intratrachéale). Le virus se reproduisait bien dans une partie de la sphère ORL (notamment les amygdales)[2].
  Des études antérieures laissent penser que l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) est la cible du virus, qui l'utilise pour pénétrer les cellules[116]^,[117]), or chez le furet l'ACE2 est surtout exprimée dans les pneumocytes de type II et sur les cellules épithéliales séreuses des glandes sous-muqueuses trachéo-bronchiques[118] ; on ne comprend donc pas encore ce qui protège les voies respiratoires inférieures du furet de l'infection. Le furet n'est donc pas un modèle animal parfait pour l'homme, mais l'infection aisée de ses voies respiratoires supérieures en fait un modèle animal possible pour tester divers antiviraux et candidats-vaccins contre la COVID-19.

Le vison américain (animal semi-aquatique, introduit et naturalisé en Europe à la suite de son élevage pour sa fourrure) se montre extrêmement sensible au SARS-CoV-2 (surtout les femelles parturientes) ; plusieurs élevages néerlandais ont été infectés en 2020 ; et la transmission du virus, dans les élevages, se fait très efficacement d'une cage à l'autre[119]^,[1]^,[120]

L'espèce la plus concernée est le Vison d'Amérique : dès le 25 janvier 2020 (ainsi que d'autres mustélidés)[121], il est soupçonné (prépublication) d'être particulièrement vulnérable au virus.

Dix mois plus tard, des élevages de visons l'ont déclaré dans six pays (Danemark, les Pays-Bas, l’Espagne, la Suède, l’Italie, les États-Unis)[122].

Le 5 novembre 2020, un rapport préliminaire[123] de l'Institut danois du sérum signale une souche de SRAS-CoV-2 mutée passée du vison à 12 humains. Cette souche s'est montrée in vitro moins sensible aux anticorps de personnes précédemment infectées. Si elle se propage elle sera moins bien contrôlée par les vaccins en préparation (et par les immunothérapies). Le gouvernement danois a ainsi préventivement abattu 15 millions de visons.

Ce pays abrite environ 160 fermes à visons.

Le 26 avril 2020, deux élevages (distants de près de 15 km, dans le nord-Brabant, au sud du pays) y sont signalés contaminés à l'OIE[124] ; situés à Milheeze et à Beek en Donk (avec 7 500 visons adultes avant la reproduction)[1]. Les visons y manifestaient des troubles respiratoires (écoulement nasal, pneumonies) et une mortalité accrue)[1]. Fin avril 2,5 % des visons sont morts dans le 1^er élevage et un peu plus de 1 % dans le second, sans observations de clusters (les animaux morts sont dispersés dans l'élevages dans les deux cas) ; les autopsies révèlent une pneumonie interstitielle diffuse et sévère et une présence d'’ARN de SARS-CoV-2 dans les cornets nasaux, les poumons, la gorge et le rectum, avec une charge virale oropharyngée élevée. Des anticorps anti-SARS-CoV-2 sont trouvés dans 60 échantillons de sang de visons des deux fermes[122].

Dans les deux cas, des employés avaient présenté des symptômes de COVID-19, et dans le second cas le propriétaire a déclaré un syndrome grippal[1]. Pour le ministère de l'agriculture, « la contamination de l'Homme à l'Animal est possible ». Mais son impact sur la santé humaine est actuellement « négligeable »[1]. Près des élevages les routes ont été fermées, et le déplacement des animaux et de leur fumier interdits[1]. Un examen clinique, pathologique et virologique et un séquençage des isolats de virus échantillonnés sont lancés dans ces fermes, et un examen sérologique des visons y est programmé (3 fois en 6 semaines)[125]. L'air et la poussière sont testés à proximité "par précaution" (mais selon un protocole d'échantillonnage non publié)[119], et le ministère recommande de ne pas faire de vélo dans un rayon de 400 mètres, au moins jusqu'à ce que les échantillons aient été analysés[1]^,[126].

• L'ONG anglaise PETA suggère d'avancer l'interdiction des fermes à fourrure de visons (initialement prévue pour 2024 aux Pays-Bas)[127]. L'enquête montre que ces deux élevages abritaient le virus depuis « plusieurs semaines », avec des sources différentes pour les deux élevages[120]. « cliniquement, les foyer ont duré environ quatre semaines, mais certains visons étaient encore positifs à la réaction en chaîne par polymérase pour le SRAS-CoV-2 dans des prélèvements oropharyngés faits après la disparition des signes cliniques », ce qui en fait des porteurs asymptomatiques[128].
• Le 7 mai 2020, deux autres élevages sont déclarés contaminés, l'un à De Mortel (commune de Gemert-Bakel, avec le même propriétaire que celui de Milheeze), l'autre à Deurne. Dans les quatre cas, le virus semblait provenir d'un humain.

Pour le Danois Sören Alexandersen qui dirige en Australie le « Centre d'étude des maladies infectieuses émergentes » de Geelong[129] à l'Université Deakin, « l'évolution de la situation devient très préoccupante avec désormais quatre grandes exploitations de visons affectées aux Pays-Bas (…) il serait très surprenant que d'autres élevages de visons dans les grands pays producteurs de visons, comme l'Europe du Nord, l'Amérique du Nord et la Chine, ne soient pas aussi touchés. Les gens doivent être informés que les visons sont gardés dans de vastes élevages et que la transmission de ces infections s'y fait très efficacement d'une cage à l'autre »[119] ; Il semble que les femelles prégnantes soient les plus vulnérables ; pour rappel, la visionne met bas une fois par an, environ 5 petits, fin avril-début mai[119], c'est donc en mai que les éleveurs doivent gérer le plus grand nombre d'animaux. Comme ces visons ont probablement été initialement infecté par des humains, puis, probablement, via une contagion importante, de vison à vison ; on pourrait penser que le risque de retransmission du virus, du vison à des humains, puisse être significatif[119]. Alexandersen ajoute « ayant travaillé avec le vison sur d'autres infections, je trouve qu'il s'agit d'une information très troublante et d'un risque potentiellement grave »[119].

Ceci est d'autant plus préoccupant qu'une maladie immunosuppressive est très fréquente dans les élevages de visons, en Chine notamment : DMLA (maladie aléoutienne du vison)[130]. C'est la première des trois maladies les plus communément observées et traitées par les vétérinaires dans les élevages de mustélidés producteurs de fourrure (et pour le vison en particulier, dans le monde entier)[130], maladie qui semble ces dernière décennies aussi s'être répandu à partir d'élevages vers le milieu naturel[131].

Dans les deux premiers élevages néerlandais les cages étaient individuelles, sans contacts vison-vison, mais disposées dans de grands hangars ouverts sur les côtés[122]. L'ARN viral n'a pas été trouvé dans l'air extérieur. Mais la poussière des deux fermes (échantillonnée trois fois entre le 28 avril et le 16 mai 2020) en contenait parfois, dans les bâtiments et l'exploitation[120], sans que l'on sache dans quelle mesure ces poussières sont contaminantes. Le 8 mai 2020, la première ministre Carola Schouten propose des recommandations à la Chambre des représentants. De son côté le RIVM (Institut national de la santé publique et de l'environnement) crée un périmètre de sécurité de 400 m autour des quatre exploitations, tout en estimant mi-mai que (dans ces conditions, et dans l'attente d'analyses d'autres d'échantillons d'air et de poussière) « sur la base des connaissances actuelles sur COVID-19, les élevages de visons ne présentent pas de risque de contamination ultérieure d'humains ». Quelques élevages de lapin (espèce que l'Université Erasmus de Rotterdam a montré être également sensibles au SRAS-CoV-2)[120] ont aussi été dépistés.

Le 26 mai 2020, exactement un mois après avoir qualifié le risque de passage du vison à l'homme comme « négligeable », la 1^er ministre Schouten, aussi chargée de l'agriculture et de la Nature) a confirmé que « Très récemment, un deuxième cas est apparu dans l'un des élevages de visons infectés. Le plus probable est que le SARS-CoV-2 (Covid-19) ait été transmis du vison à l'homme »[132]. Selon Wim van der Poel (virologue cité par RTL Nieuws) le virus est dans le dernier cas passé du vison l'homme (« Un employé a eu des symptômes, puis un test positif. Ensuite, nous avons examiné le code génétique du virus chez cette personne. Et sur la base de ce que nous nous savons, à travers ce code génétique, nous pouvons dire que le virus est venu d'un vison », pas avec 100 % de certitude, mais avec un faible risque de se tromper a-t-il précisé)[124]. (sur les 160 fermes à visons du territoire)[124]

Début juin 2020, à Deurne deux employés infecté par le coronavirus SARS-CoV-2 à partir des visons : c'est le premier cas européen documenté de transmission animal↔humain de la covid-19. Les autorités néerlandaises ont, malgré l'action de certaines sociétés de protection animale estimant qu'il ne s'agissait que d'une suspicion[133], ordonné l'abattage des 10 000 visons des élevages du pays[134]. La phylogénétique des génomes de SARS-CoV-2 de visons a montré 5 clusters (A à E) néerlandais, mais pas de large « propagation » de SARS-CoV-2 du vison dans la population néerlandaise[122].

Le 11 juin, Eurosurveillance confirme que dans ces élevages, « la poussière inhalable contenait de l'ARN viral, indiquant une exposition possible des travailleurs »[135]

Et un autre problème écoépidémiologique est identifié : 24 chats errants ont été repérés autour des élevages ; leur sang et leur mucus oropharyngé contenaient des anticorps anti-SARS-CoV-2. De l'ARN viral a été détecté un de ces chats, mais en quantité trop faible pour être séquencé[122].

Ce pays dispose de trois grands élevages industriels détenant environ 100 000 visons au total à l'automne 2020[136]. Comme en France, aucun cas de SARS-CoV-2 n'y a été détecté, mais dans une approche One Health et de précaution, l'abattage de tous les visons d'élevage du pays a été annoncé, car selon le ministère de la Santé « la poursuite de l'élevage de visons représente un risque continu d'émergence de variantes supplémentaires » du virus, éventuellement plus pathogène ou plus transmissible à l'homme ou à d'autres animaux[136].

À la Puebla de Valverde — signifiant le village du val vert — situé en Aragon, 92 700 visons ont été abattus en raison de la positivité de 90 % d'entre eux au test du covid[6].

Selon l'OIE : « Bien que la transmission zoonotique ne puisse être exclue, l'impact sur la santé humaine est estimé négligeable dans cette phase de l'épidémie, car une transmission interhumaine efficace est le moteur de l'épidémie ».

Au 26 mai, la Chine, bien que premier éleveur mondial de vison, n'a signalé aucun cas de COVID-19 chez les visons.

S. Alexandersen s'en étonne : « ayant travaillé avec le vison sur d'autres infections, je trouve qu'il s'agit d'une information très troublante et d'un risque potentiellement grave »[119]

Il y a dans ce pays plusieurs dizaines de fois plus de visons d'élevage qu'aux Pays-Bas.

Le 4 septembre 2020, le Statens Serum Institut (SSI) de Copenhague informe l'Administration vétérinaire et alimentaire du pays que deux mutants du coronavirus sont en plein essor dans les élevages danois, élevages étant un milieu idéal de contagion inter-visons[137].

Le 1^er octobre, Mogens Jensen, ministre chargé de l'Alimentation est personnellement informé du danger sanitaire[137].

Le 16 septembre, le SSI et l'Université de Copenhague (UC) ré-alertent conjointement, l'Administration vétérinaire et alimentaire danoise, ajoutant que le plus récent des deux mutants est maintenant retrouvé chez l'humain et chez le vison, dans au moins six des élevages danois[137].
En octobre, le P^r Hans Jørn Kolmos (microbiologiste à l'Université du Danemark du Sud) estime que les autorités ont réagi bien trop lentement au vu des informations disponibles[137].

Le 18 septembre, un rapport du SSI et de l'UC considère que le nombre croissant de mutations de la protéine de pointe, associée à la propagation à l'homme au Danemark, est une « menace nationale et internationale » pour la santé publique, et pour les effets attendus d'un vaccin[122]. Dans le contexte danois de spécialisation de nombreux éleveurs dans l'élevage du vison, le ministre de l'Alimentation, de l'Agriculture et de la Pêche Mogens Jensen ne répond pas à certaines demandes d'interview[137].

Le 3 novembre 2020, la Première Ministre danoise, Mette Frederiksen, confirme que dans 5 élevages de visons du nord du Jutland, un virus muté de la Covid-19 a été transmis à 12 personnes (dites cluster 5 ») ; 4 des patients avaient été au contact des visons dans 3 élevages. Ce virus présente 4 mutations du gène codant la protéine S : une délétion (perte de 2 acides aminés) H69del/V70del, et 3 mutations par changement d’acide aminé : Y453F, I692V, M1229I). Deux, puis sept mutations du gène codant la protéine Spike1 du Sars-CoV-2 sont détectées en novembre 2020 chez les visons danois et certains humains, non surprenantes car les virus à ARN mute beaucoup, mais inquiétantes car la plasticité de dette protéine est un avantage sélectif pour le franchissement de la barrière des espèces[138]^,[139]. Début novembre, le virus muté a priori apparu chez le vison d'élevage a déjà été transmis à 214 personnes (dont 12 avec un variant unique présentant selon l'OMS « une combinaison de mutations ou de changements génétiques qui n’ont pas été observés auparavant »[140] observée chez des patients de 7 à 79 ans dont 8 seulement en lien direct avec l’élevage de visons, et 4 vivant à proximité), menaçant potentiellement l'efficacité d'un futur vaccin, car les anticorps humains se sont montrés moins efficaces à leur égard[141]^,[122]. Le Gouvernement danois ordonne donc l'abattage de plus de 17 millions[122] de visons en cages élevés sur son territoire[142]. Cette décision est motivée par le fait que dans les élevages aviaires industriels, le coronavirus de la bronchite infectieuse aviaire, trop contagieux, n'a jamais pu être correctement bloqué par les mesures de biosécurité classique ; seul le vaccin régulièrement mis à jour, et utilisé dans le monde entier, semble être efficace[142].
Des questions de dédommagement des éleveurs font débat politique, certains appelant un modèle de dédommagement basé sur le prix moyen des peaux lors des 10 ans écoulés, mais aussi sur es bénéfices attendus de plusieurs années dans le futur, sachant que de 2009 à 2019, les exportations de fourrure de visons (vers la Chine essentiellement) auraient rapporté de 5 à 13 milliards de couronnes[143] mais qu'il était aussi question d'interdire ces élevages. Un autre risque est qu'un SARS-CoV-2 adapté au vison puisse franchir la barrière d’espèce et infecter une autre espèce animale (sauvage et/ou d'élevage)[122].

Un juriste danois argue que le Gouvernement ne peut pas obliger, mais seulement « inviter » les éleveurs à tuer leurs visons, car selon la loi danoise, seuls les visons situés dans un rayon de 8 kilomètres autour d'un vison infecté peuvent être abattus. Et une loi d'exception nécessite 2/3 des votes au Parlement, ce qu'il n'a pas dû à l'opposition à la mesure du parti Venstre[144]. Ce pays est le premier éleveur/exportateur de peaux de vison en Europe[145]. Des éleveurs de visons ont manifesté en tracteurs alors que les équipes de santé publique commençaient un abattage (qui devrait durer 15 jours)[146].

Le 4 novembre la 1^re ministre Mette Frederiksen a néanmoins annoncé en conférence de presse que « tous les visons d'élevage » au Danemark devaient être tués, ajoutant que cette décision ne peut être « ni négociée ni discutée ». La police nationale danoise est chargée de coordonner l'abattage des visons[147]. Une quinzaine de millions de cadavres de visons doivent être détruits[147], idéalement être brûlés, car ne pouvant plus, pour des raisons sanitaires, être considérées comme déchets d'abattoir antérieurement convertis en aliments pour animaux ou en biomasse-énergie. L'usine de DAKA (à Rander) qui "valorise" habituellement les cadavres de visons après qu'on ait récupéré leur fourrure à partir de la fin de l'automne, est à la demande des autorités, transformé en urgence en centre d'urgence de destruction des cadavres de visons, afin de les transformer en biocarburants et en carburant diesel[147]. Les camions et équipements y sont lavés et désinfectés plusieurs fois lors du processus, et les combinaisons de protection sont obligatoires. Les corps des visons y sont stérilisés sous pression, durant 20 min à 130 °C, puis la farine animale et d'os sont transformés en biocarburant, et la graisse est transformée par Daka ecoMotion en biodiesel dit durable de 2^e génération pour le transport routier[148].

Le 6 novembre 2020, alors que l'Allemagne et le Royaume-Uni ajoutaient le Danemark à leurs listes de pays pour lesquels la quarantaine est obligatoire[146], au Danemark, environ 280 000 résidents de sept localités sont confinés dans leur commune pour tenter de stopper la propagation de ces virus mutants et il est déconseillé à tous de se rendre dans le secteur, où seuls les transports scolaires sont maintenus. Mais l'usine DAKA est proche de la saturation (cas sans précédent) car devant traiter en quelques jours une quantité de cadavre habituellement réparties sur 3-4 semaines de travail intense. Une partie des camions est réorientée vers les entreprises de chauffage urbain, invitées à incinérer ces visons en respectant certains conditions d'hygiène[149]. Ils serviront à produire de la chaleur, de l'électricité et leurs cendres pourront être utilisées en fond de couche routière ou fondation de construction[149]. Sønderborg Varme a été la première société à accepter cette mission[147]. Toutes les opérations de manipulation et de travail avec les éleveurs de visons sont maintenant contrôlées par la police nationale, en lien avec l'administration vétérinaire et alimentaire danoise[148].

Habituellement, des acheteurs allemands concurrents de Daka achètent aussi des corps de vison, ce qu'ils ne feront pas en 2020 dans le contexte pandémique[148].

Une troisième solution est mise en œuvre, avec l'enfouissement de millions de cadavres, au fond de profondes tranchées, recouverts de chaux vive, dans un premier temps dans deux énormes et longues fosses communes linéaires creusées à la grue dans l'ouest du Jutland (et d'autres fosses sont envisagées dans le sud du pays et le sud du Jutland)[147]. Deux terrains militaires (Holstebro et Karup) ont été choisis par l'administration vétérinaire et alimentaire danoise, avec l'Agence danoise de la nature de manière à limiter les risques de contamination de nappes phréatiques[147].

Mi-novembre, le gouvernement estime que la nouvelle souche mutée (dite du cluster 5) semble désormais « très probablement » éteinte ; l'Institut national du sérum danois n'a pas retrouvé ce variant depuis le 15 septembre[150].

Des coronavirus félins sont connus depuis plusieurs décennies[42], avec deux pathotypes :

Chats : En mars 2020, un premier cas de COVID-19 chez le chat est confirmé à l'OIE. Semblant isolé voire exceptionnel, il a été découvert en Belgique par des chercheurs de la faculté de médecine vétérinaire de Liège. Ce chat aurait été contaminé par sa maîtresse revenue, atteinte d'une COVID-19, d'un voyage en Italie et placée en quarantaine chez elle. À la différence des deux chiens déjà observés porteurs du virus, ce chat a, une semaine plus tard, présenté des signes gastro-intestinaux et respiratoires (« anorexie, diarrhée, vomissements, toux et essoufflement » observés par le vétérinaire via un lien vidéo). Le chat a ensuite été testé positif (fèces et vomissures) par RT-PCR puis la présence du virus a été confirmée par séquençage à haut débit. Après neuf jours de maladie, l'animal s'est remis a précisé l'AFSCA. Selon le D^r Emmanuel André, l'un des porte-paroles des autorités sur cette pandémie « il n’y a pas de raison de penser que les animaux peuvent être vecteurs de l’épidémie dans notre société ».

Quelques jours après cette annonce (31 mars 2020), en Chine, une étude du laboratoire d'Harbin conclut que de jeunes chats (post-sevrage, âgés de 70 à 100 jours) expérimentalement infectés se sont montrés « très sensibles au SARS-CoV-2, qui se répliquait efficacement et se transmettait à des chats naïfs (placés dans une cage proche de celle d'un chat infecté) » ; un chat naïf sur trois exposé à des chats infectés a été infecté[2]. Les auteurs estiment que « la surveillance du SARS-CoV-2 chez le chat doit être considérée comme un complément à l'élimination de la COVID-19 chez l'être humain »[2], même si chats et chiens semblent alors rarement infectés (à Hong Kong, ce chat et deux chiens étaient alors les seuls animaux positifs, dans une cohorte de 27 chiens + 15 chats, tous en contacts étroits avec des patients malades et placés en quarantaine)[152].

• Le 3 avril 2020 une pré-publication annonce que 15 %[153] des chats testés à Wuhan (par dosage ELISA d'anticorps anti-SArAS-CoV-2) s'avèrent avoir été infectés par le virus de la COVID-19[154]^,[155] ; 102 chats ont été testés après l'éclosion de l'épidémie en Chine (comparés à 39 échantillons de sang félin prélevés avant l'éclosion). Parmi les échantillons positifs, 11 présentaient des anticorps neutralisants du SARS-CoV-2, avec un titre variant de 1/20 à 1/1080. Les auteurs ont vérifié qu'il ne s'agissait pas d'une réactivité croisée sérologique entre le SARS-CoV-2 et le coronavirus de la péritonite infectieuse féline de type I ou II (FIPV) et ils concluent que le SARS-CoV-2 a infecté une partie de la population de chats de Wuhan lors de l'épidémie.
• Puis les CDC américains confirment que deux chats domestiques, vivant dans deux quartiers éloignés l'un de l'autre, et qui présentaient des symptômes respiratoires légers à New York, ont été testés infectés par Sars-CoV-2. Ils se sont tous deux rétablis[156].
• Dans le 1^er cas, aucun membre de la famille n'a été confirmé malade de la COVID-19. Le chat pourrait avoir acquis le virus à l'extérieur ; d'un autre chat ou d'un humain malade, ou dans le foyer, à partir d'une personne asymptomatique. Le second chat avait un propriétaire malade (avant que le chat ne montre des signes de la maladie) et un autre chat présent dans le foyer n'a pas montré de signes de maladie. Les CDC ont publié une liste de recommandations, incluant une distanciation sociale avec les animaux dans un certain nombre de cas[157].
  Confiner un chat qui a l'habitude de se promener sur les toits ou dans les jardins ou la nature est difficile.
• En France le premier chat découvert infecté (par un test qRT-PCR réagissant à 2 gènes du SARS-CoV-2), probablement contaminé par sa propriétaire, présentait des troubles respiratoires et digestifs. Ses prélèvements rectaux étaient positifs, mais pas nasopharyngés. Le virus SARS-CoV-2 « même en contact avec des propriétaires infectés comme l'a montrée une étude précédente sur les animaux des étudiants vétérinaires de l'École nationale vétérinaire d'Alfort » ne semble pas facilement passer de l'Homme au chat, selon une pré-publication du 9 avril 2020[158]. Neuf chats et douze chiens vivaient en contact étroit avec 20 étudiants d'un campus vétérinaire français, dans des chambres de 12 à 17 m². Deux de ces étudiants ont été diagnostiqués positifs à la COVID-19[158]. Puis 11 autres étudiants du groupe (60 % du groupe) ont consécutivement présenté des symptômes de la COVID-19 (fièvre, toux, anosmie, etc.), entre le 25 février et le 18 mars 2020 ; ils n'ont pas été testés « conformément à la réglementation française en vigueur, qui ne prescrit pas de tester tous les patients d'un cluster »[158] et on ignore si les 7 autres étudiants étaient indemnes ou porteurs asymptomatiques[158]. Les étudiants ont signalé que plusieurs de leurs animaux de compagnie (3 chats notamment) ont présenté « de nombreux signes cliniques indiquant une infection à coronavirus », mais en dépit de ces symptômes, aucun de ces animaux n'a été détecté positif pour le SARS-CoV-2 par RT-PCR, et aucun anticorps contre le SARS-CoV-2 n'a été détecté dans leur sérum sanguin (par test d'immunoprécipitation)[159]^,[158]. Les auteurs de la pré-publication concluent à « une transmission interspécifique indétectable du virus du SARS-CoV-2 entre les patients COVID-19 et les chiens ou chats domestiques dans les conditions naturelles d'exposition », ajoutant qu'« il est concevable que les chats infectés et séroconvertis identifiés à Wuhan, en Chine, avaient été soit en contact avec des patients dont la charge virale était plus élevé que dans notre étude, ou ont eu plus de contacts avec des chats infectés[158]. Ce sont, entre autres, des questions qui devront être approfondies (…) Des études de réplication pour précisément caractériser un rôle possible des animaux de compagnie, et en particulier des félins, en tant qu'hôte intermédiaire vecteur du SARS-CoV-2 sont nécessaires dans différents contextes internationaux. Elles devraient inclure des populations plus importantes et l'étude du rôle de l'âge des animaux et de la charge virale environnante »[158].
• Mi mai 2020, dans le journal Nature, estimant qu'« il est de plus en plus important de comprendre le rôle des chats domestiques et des chats errants dans la chaîne de transmission à mesure que les taux d'infection entre les gens chutent », Arjan Stegeman (épidémiologie vétérinaire à l'Université d'Utrecht aux Pays-Bas), dit prévoir de tester des chats cohabitant avec des personnes guérie de la COVID-19.
• Puis à Bordeaux, un second chat (présentant des troubles respiratoires résistant à un traitement anti-infectieux et antiinflammatoire), a ensuite été testé positif, sans doute infecté par ses propriétaires, suspectés d'avoir eu la Covid-19, selon l'École nationale vétérinaire de Toulouse (ENVT)[160].
• L'OIE a aussi reçu le signalement d'un chat fortuitement trouvé positif au virus en Espagne (11/05/2020) ; il s'agit d'un chat mâle (de 4 ans et de race européenne, qui vivait dans une famille où plusieurs personnes avaient contracté la COVID-19 ; ce chat « souffrait d'une dyspnée et d'une tachypnée marquées, avec une température rectale de 38,2 °C. Le test sanguin effectué a montré une légère anémie et une thrombocytopénie sévère » ; il présentait des indices de pneumonie à la radiographieet une cardiomyopathie hypertrophique à l'échocardiographie) ; en état de détresse respiratoire sévère et présentant des saignements de nez et de bouche, il a été euthanasié le 22/04/2020, et envoyé à l'unité de confinement biologique IRTA-CReSA (niveau de biosécurité 3) pour autopsie. Son propriétaire semble avoir eu une forme non-sévère de la COVID-19. L'autopsie laisse penser que le chat pouvait avoir un problème cardiaque qui a aggravé la maladie[161].
• Deux jours après un autre cas, fortuitement découvert, était signalé en Allemagne (13/05/2020) : une chatte âgée de 6 ans, qui vivait avec son propriétaire dans une maison de retraite (Haut-Palatinat, Bavière) qui a est mort de la COVID-19 le 12 avril 2020. On note que deux autres chats (femelle de 15 ans, mâle de 10 ans) vivaient aussi dans cette maison de retraite (où un foyer de contamination de covid a eu lieu). Aucun des chats n'a présenté de symptômes à aucun moment ; des prélèvements de gorge analysés le 29 avril 2020 ont montré que les deux autres chats étaient négatifs (RT-PCR). Les trois chats ont été mis en quarantaine sous l'égide du bureau vétérinaire local compétent, puis échantillonnés à nouveau (gorge) le 4 mai 2020. Les deux chats négatifs l'étaient encore et l'autre a été clairement confirmé positif pour le SRAS-CoV-2. Tous ont été ensuite isolés à l'Université de médecine vétérinaire de Hanovre (Allemagne). Le 6 mai 2020, les trois chats ne présentaient aucun symptôme respiratoire mais restent surveillés pour le SRAS-CoV-2 (symptômes, excrétion virale, séroconversion…). Le génome sera séquencé[162].
  Finalement, en juillet 2020, d'après les tests de présence d'anticorps faits en Italie, dans les zones et familles infectées, le taux d'infection à CARS-CoV-2 (3,9 %) de 277 chats de compagnie testés entre mars et mai 2020) « reflètent ceux des gens »[151].
• Tigres : Le 4 avril, cinq tigres sont à priori porteurs du virus dans le zoo de New York[4] ce qui repose la question du risque que les félins domestiques (chats) soient infectés par leurs maitres en jouant un rôle dans le développement de la pandémie[163] ? Le premier des tigres a manifesté des symptômes du 27 mars au 3 avril 2020 et il a été testé positif, les autres ont manifesté les mêmes symptômes, l'un étant aussi anorexique. Un employé asymptomatiquement porteur du virus aurait pu infecter le premier tigre[164].
• Lions : le 15 avril 2020, parmi trois lions précédemment signalés dans un zoo de New York comme présentant des symptômes évoquant la COVID-19 (toux sèche et respiration sifflante), l'un a été confirmé positif au SARS-CoV-2/COVID-19. L'OIE est informé le 17 avril 2020, comme pour le cas du 4 avril 2020, on suppose que l'infection a été transmise par un humain infecté. Tous les animaux présentant des signes cliniques s'améliorent progressivement. Aucun autre animal du zoo ne semble pour le moment touché[3].

L'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) a déclaré le SARS-CoV-2 maladie émergente ; les pays doivent donc déclarer les cas animaux confirmés à l'OIE.

En 1971 a été décrit le premier « coronavirus canin » (CCoV), alors identifié en tant que pathogène entérique des chiens[165] ; ce virus (et d'autres coronavirus) sont fréquemment trouvés dans les populations canines, notamment celles hébergées en grands groupes en refuges, animaleries, chenils de chasse à courre ou élevage canin, en raison de la contagiosité du virus[166]^,[167]^,[168].

Chez les chiots et jeunes chiens, certains coronavirus sont parfois mortel, notamment quand il y a coinfection avec la CDV ou d'autres pathogènes intestinaux[169]. Depuis les années 2000, des signalemen épidémies très virulentes à CCoV sont documentées en Europe[170]^,[171]^,[172].

Le chien est le seul canidé présentant une vulnéravilité modérée au SARS-CoV-2

• les premiers variants du SARS-CoV-2 sont réputés pouvoir difficilement infecter le chien.
  • Le premier cas signalé à l'OIE est un chien Poméranien mâle, castré, âgé de 17 ans, trouvé asymptomatique et « faiblement » porteur du virus à Hong Kong fin février 2020 : cinq écouvillonnages oropharigiens prélevés sur 13 jours ont montré qu'il excrétait des virus par le museau et la bouche, mais aucun virus infectieux n'a été retrouvé dans les échantillons rectaux ni fécaux (testés à trois reprises)[63] (alors que ceux-ci sont habituellement riches en coronavirus chez les animaux-réservoirs)[29].
    C’est « probablement un cas de transmission de l'homme à l’animal » selon l’AFCD qui a « fortement recommandé » que dans tout foyer où vit une personne infectée, les animaux de compagnie mammifères (chiens et chats notamment) soient mis en quarantaine … par précaution pour protéger la santé publique et animale[173]. Ce chien qui présentait déjà des problèmes cardiaques et rénaux, avec hypertension artérielle est mort quelques jours après le diagnostic, probablement de ses comorbidités. Le chien a très probablement été infecté par son propriétaires, car les séquences génétiques virales du virus trouvé chez ce chien étaient identiques à celles de son propriétaire[54].
  • le second chien (Berger allemand) ne présentait pas de symptômes évidents, mais il excrétait, lui, le virus dans ses excréments. Il a fait l'objet d'une surveillance[174] ; comme dans le cas précédent, ce chien a aussi été très probablement infecté par son propriétaires (similitude des séquences génétiques virales)[54]. Comme dans le cas précédent, rien n'indique que les chiens aient (ou non) transmis l'infection à d'autres chiens ou à d'autres personnes[54].

Ces deux cas ont été détectés à Hong Kong dans un foyer où l'administration a isolé des malades atteints de Covid-19 (en accueillant parfois aussi leurs chiens et chats) ; Il a été décidé de tester d'autres animaux dans ces foyers, pour évaluer quand ils pourraient être rendus à leurs propriétaires. Au 27 mars parmi quinze chiens et chats isolés car présent dans des foyers où une personne était porteuse du virus, deux chiens ont été testés positifs[175].
Un autre cas est signalé mi mai aux Pays-Bas (diagnostiqué fin avril)[176].

Par ailleurs, des virologues ont en Chine expérimentalement infecté des chiens avec le « SARS-CoV-2 humain »[54] et du point de vue biochimique, l'ACE2 du chien présente une configuration permettant que le virus s'y fixe. Thomas Mettenleiter (virologue et directeur l'Institut fédéral de recherche sur la santé animale à Riems, en Allemagne) recommande aux propriétaires de chiens dont le test est positif pour le coronavirus d'être prudents quand ils manipulent leurs animaux de compagnie[54].

Avis d'experts ou d'autorités vétérinaires ou sanitaires : Ils évoluent avec l'état des connaissances. Début 2020, l'AFCD estimait que les données scientifiques suggèrent que le Covid-19 peut se transmettre aux chiens à partir de son propriétaire contaminé. Mais rien n’indique alors que les chiens peuvent à leur tour contaminer des humains ou d’autres animaux ;

Par précaution, l'AFCD invite les vétérinaires à rehausser leur niveau de vigilance, à utiliser un équipement de protection individuelle (gants, masques…) et à désinfecter en routine leur l’environnement, surtout si l’animal a des antécédents connus ou est soupçonnés d’être lié à un cas confirmé. L'AFCD ajoute que dans les hôpitaux vétérinaires, les clients devraient aussi porter des masques de protection. Les vétérinaires de Hong Kong sont invités à signaler leurs soupçons de contamination d’un animal à l’AFCD, via une hotline[63].

La quarantaine est une précaution visant à éviter que les animaux jouent un rôle de fomite (support de virus vers l'Homme), car mi-mars 2020, il n'y a pas encore de preuve que les animaux de compagnie transmettent (ou non) le virus aux humains ;

• Selon Shelley Rankin, microbiologiste vétérinaire à l'Université de Pennsylvanie, une possibilité de transmissibilité du SARS-CoV-2 de l'homme à l'animal (de compagnie ou non) ne semble pas encore avoir été étudiée, et on ne peut donner une signification épidémiologique à ce seul cas.

En mai 2020, l'Académie de médecine en France considère que si « le COVID-19 peut se transmettre aux chiens à partir du propriétaire contaminé. Rien n'indique en revanche, pour le moment, que les chiens peuvent à leur tour contaminer, par des aérosols ou la salive, des personnes non infectées ou d’autres animaux rencontrés (par exemple dans la rue.) »[29] L'OIE (avis du 9 mars 2020) puis l’Anses (avis du 11 mars 2020) ont jugé peu probable le risque de contamination du chien et à partir du chien, tout en recommandant la prudence, notamment car on sait que chats et chiens ont plusieurs récepteurs cellulaires ACE2 semblables aux nôtres[63] ; théoriquement, le virus peut donc s’y fixer ; mais il ne peut probablement pas facilement entrer dans leurs cellules.

Finalement, en juillet 2020, d'après les tests de présence d'anticorps faits en Italie, dans les zones et familles infectées, le taux d'infection à CARS-CoV-2 (3,4 %) de 540 chiens testés entre mars et mai 2020) « reflètent ceux des gens »[151].

Par précaution les personnes porteuses du SARS-CoV-2 devraient limiter le contact avec leurs animaux de compagnie, bien se laver les mains et ne pas se laisser lécher le visage (car le virus est présent dans les sécrétions nasales, sur les mains et la bouche du malade)[63].

• Si d’autres cas se présentent, ces animaux pourraient être des réservoirs de virus ou jouer un rôle dans sa propagation ; les hôpitaux vétérinaires devraient s’y préparer. Des quarantaines pour animaux domestiques et des précautions d’hygiènes associées pourraient alors être justifiées[63] ;
• si dans une maison des personnes sont malades et d’autres non, les animaux ne doivent pas être en contacts avec aucun d'eux[63] ;
• les animaux de compagnie doivent être pris en compte dans la planification de la préparation de la famille, ne serait-ce que parce que le propriétaire de l'animal peut tomber malade et être mis en quarantaine[63] ;
• un stock minimal de nourriture/litière… pour l’animal est recommandé, de même qu'informer les voisins (sur les besoins alimentaires ou en médicament de l’animal)[63].

Mi-mai 2020, un article de la revue Nature relaye l'avis de l'American Veterinary Medical Association qui recommande aux malades de la COVID-19 de « porter un masque quand elles prennent soin de leurs animaux de compagnie et d'éviter de caresser, de serrer dans leurs bras ou de partager de la nourriture avec des animaux, et de se laver les mains avant et après le contact avec eux »[54]. « il est urgent de tester plus d'animaux qui sont en contact étroit avec les gens, y compris les animaux de travail et le bétail, pour comprendre s'ils ont un rôle à jouer dans la propagation du virus (…) Pour ce faire, des kits de diagnostic spécialisés pour tester les animaux seront nécessaires », ajoute Jürgen Richt (virologue vétérinaire, Université d'État du Kansas)[54].

Une modélisation récente a prédit que « les chiens pourraient être des hôtes secondaires au cours de l'évolution du SRAS-CoV-2 de la chauve-souris à l'homme »

Les chiroptères jouent un rôle réputé particulier, ancien et important de « réservoir », pour de nombreux virus (dont Ebola et une forme de rage)[189]^,[190] et notamment pour des maladies émergentes[191] susceptibles de passer à d'autres animaux ou à l'Humain[192]. Ceci n'est pas surprenant étant donné leur ancienneté, leur large présence sur la terre, le nombre de virus qu'ils abritent (lyssavirus, filovirus, henipavirus et flavivirus notamment[193], mais aussi CoVs fréquemment détectés depuis qu'on les cherche[194]) et leur nombre d'espèces (ils représentent près du quart de la diversité spécifique des mammifères connus). Ce rôle n'est cependant connu que depuis 2005, d'abord découvert chez trois espèces de Miniopterus en Asie[195]. On sait maintenant que partout dans le monde les chiroptères hébergent de nombreux coronavirus infectant d'autres vertébrés, et quelques coronavirus infectant l'Homme (ex : HCoV-NL63 et HCoV-229E)[18]. Selon la base de données « DBatVir » créée pour leur étude : entre 2005 et mai 2020, ce sont plus de 200 nouveaux CoV qui ont été identifiés chez les chauves-souris. Le virome connu et séquencé à ce jour des chiroptères est composé de CoV à 35 % environ[196]. Début 2010 plus de 30 génomes complets de ces virus avaient déjà été séquencés[194]. Mi-mai 2020, une grande partie de ces CoV portés par les chiroptères n'est pas encore officiellement reconnue ni nommée par l'ICTV. Les chauve-souris développent des maladies cliniques virales et bactériennes[197] ou fongiques (avec parfois de graves épidémies comme dans le cas du "White nose", mais de nombreux virus (dont des CoVs) sont souvent bien tolérés par ces animaux, alors sans symptômes, grâce à une spécificité de leur système immunitaire selon Ahn et al. en 2019[198] et selon Brook et al. en 2020[189]. Sur tous les continents, les chauves-souris n'abritent « que » deux des quatre genres de CoVs : des alphaCoV surtout (et avec des titres plus élevés) et, moindrement, des betaCoV des sous-genres Sarbecovirus, Merbecovirus, Nobecovirus et Hibecovirus ; et des co-infections associant plusieurs de ces virus existent[194]. Les Rhinolophes semblent être réservoir du SRAS-CoV, et plusieurs bêtaCoV du sous-genre Merbecovirus sont étroitement liés au MERS-CoV[194]. En janvier 2019, quelques mois avant l'« épidémie de Wuhan », quatre chercheurs en infectiologiede Hong Kong ont écrit dans un article « En plus des interactions entre les différentes espèces de chauves-souris elles-mêmes, les interactions chauve-souris-animal et chauve-souris-Homme telles que la présence de chauves-souris vivantes dans les marchés humides et les restaurants de la faune dans le sud de la Chine, sont importantes pour la transmission interspécifique des CoV et peuvent conduire à des foyers épidémiques mondiaux dévastateurs »[194]. Comprendre comment certains chiroptères arrivent à maintenir constamment « à bas bruit » leurs infections virales est source d'espoir de nouvelles approches thérapeutiques antivirales. On a ainsi découvert que certaines chauves-souris, dont par exemple la Roussette d'Égypte ou Rousettus aegyptiacus (espèce africaine) disposent d'une hyper-vigilance antivirale, inattendue, dite « voie de l'interféron perpétuellement activée », qui à la différence de ce qui se produit chez la plupart des autres mammifères, ne provoque pas d'inflammation nocive. Les chauves-souris semblent avoir perdu certains gènes favorisant l'inflammation. On explore depuis peu « l'impact de ces défenses antivirales uniques des chauves-souris sur les virus eux-mêmes », dont en comparant les réponses immunitaires antivirales de deux types de cellules de chauve-souris cultivées in vitro, provenant d'une part de la Roussette d'Égypte, une espèces dont la voie de l'interféron est perpétuellement activée, et d'autre part d'une espèces qui n'active cette voie qu'au moment de l'infection : le Renard volant noir (Pteropus alecto qui vit de l'Indonésie au nord et à l'Est de l'Australie, et est l'un des vecteurs d'un Lyssavirus zoonotique)[189]. D'après les données disponibles en mars 2020, le virus génétiquement le plus proche de celui de la COVID-19 (96,2 % d'identité de séquence nucléotidique) est la souche BatCoVRaTG13 trouvée chez Rhinolophus affinis, dans le Yunnan (Chine), un peu plus proche que ceux trouvés chez le Pangolin[199]. En mai 2019, on ignore encore si un hôte intermédiaire (et/ou d'amplification) a vraiment été nécessaire au virus pouvoir infecter l'Homme (comme ce fut le cas pour le SRAS-CoV et d'autres HCoVs) ; En mai 2020, deux microbiologistes vétérinaires italiens, Decaro & Lorusso recommandent donc « une utilisation prudente d'antigènes spécifiques pour le diagnostic sérologique du SRAS-CoV-2 chez les animaux, car des réactions croisées avec des virus du genre Alphacoronavirus, répandus chez les animaux, peuvent se produire »[11] comme l'ont montré en 2004 Sun & Meng[200].
Attention cependant : les chiroptères ne constituent pas le seul réservoir de coronavirus ; les rongeurs (autre groupe taxinomique majeur en termes de diversité spécifique chez les mammifères) en sont un autre (par exemple pour le HCoV-OC43 et HKU1) ; et au vu des études déjà faites, on sait que les chiroptères et les rongeurs sont la source des gènes de la plupart des α-CoV et β-CoV, alors que les oiseaux semblent être le principal réservoir de gamma-CoV et delta-CoV 2.
Ces affirmations reposent sur des preuves phylogénétiques basées sur l'étude des séquences génomiques de coronavirus actuellement disponibles dans plusieurs bases de gènes internationales[36].
Les coronavirus « animaux » (de Chauve-souris ou rongeurs) semblent avoir eu besoin d'« hôtes intermédiaires » pour s'humaniser[18]. Des bovins ont joué ce rôle pour HCoV-OC43 et l'Alpaga pour le HCoV-229E. Dans le cas du SARS-CoV-1 et du MERS-CoV, ces hôtes ont respectivement été la Civette du palmier et le dromadaire[17]. Il est notable que les chiroptères partagent avec les rats le fait d'avoir des interactions sociales et familiales étroites et constantes, de vivre en groupes souvent denses, et pour certains présentes au même endroit depuis des milliers d'années, et à l'abri de la lumière du soleil (pour la plupart des espèces)[8]. Les chiroptères se déplacent en outre sur de plus grandes distances, ont une longévité parfois remarquable[201], et disposent souvent (en zone tempérée à fraiche) des gîtes estivaux et hivernaux différents. Ces gîte abritent parfois conjointement des espèces différentes de chiroptères. Certaines chauve-souris migrent saisonnièrement à la manière des oiseaux migrateurs (ex : Pipistrelle de Nathusius, pour la France)[202]^,[203]) ou sur quelques centaines de km (ex : pipistrelle commune)[204]. Dans les années 2000, des Coronavirus étroitement apparentés entre eux ont déjà été trouvés dans l'organisme de mêmes espèces de chauves-souris dans des gîtes distants de milliers de kilomètres[205] et différentes espèces ou genres de CoV peuvent être trouvés chez différentes espèces de chauves-souris vivant sur les mêmes sites de repos.

Ce phénomène migratoire est à ce jour bien moins connu chez les chiroptères que chez les oiseaux[206]. Ces spécificités contribuent à expliquer pourquoi ces animaux abritent de très nombreux virus ; Les Chauve-souris sont un taxon non seulement bon « propagateur de virus », mais propice aux recombinaisons génétiques et à l'échange interspécifique de fragments de gènes viraux, ainsi qu'aux transmission interspécifiques[8] (mais de leur côté les rats, s'ils ne sont pas « ailés », se font couramment transporter par des camions, trains, navires et avions et utilisent volontiers les égouts pour se déplacer sous terre ; le rat ne semble cependant pas génétiquement être un bon hôte pour le SARS-CoV-2, alors que certains rhinolophes ont un ACD2 « ciblé » par le virus. L'Homme a bien moins de contacts rapprochés avec les chiroptères qu'avec les rats ; hormis, dans quelques cas (chasse et consommation de chiroptères dans certains pays, récolte d'excréments de Chauve-souris utilisés ou vendus comme engrais), et certaines activités spéléologiques ou minières… En 2020, Zi-Wei et ses collègues évoquent les mines de charbon comme source de contacts à suivre[8].

L'OIE note que des chauves-souris frugivores égyptiennes ont pu être « infectées en laboratoire (par le SARS-CoV-2) mais n'ont pas montré de signes de maladie. Les chauves-souris frugivores infectées étaient capables de transmettre l'infection à d'autres chauves-souris frugivores ».

écailles de pangolin (Manis javanica), utilisées en médecine traditionnelle chinoise, source d'un intense braconnage en Chine du Sud et en Afrique.

En mars 2019, 21 pangolins sont saisis à des trafiquants dans la région chinoise du Guangdong et plusieurs puis la totalité tombent gravement malade, après des semaines d'efforts pour les sauver 16 meurent. Des virologues sont alors appelés pour effectuer des prélèvements et publient une étude mettant en évidence plusieurs types de virus dont des coronavirus proches du SRAS[207]. C'est alors la première découverte de coronavirus chez des pangolins. En février 2020 à la suite de la pandémie de Covid-19, les analyses sont reprises et mettent en évidence un nouveau Sarbecovirus avec 92 % de similarité avec SARS-CoV-2 et dont le RBD est extrêmement proche. En même temps, d'autres viromes de mammifères sont réanalysés et un Sarbecovirus avec 86 % de similarité avec SARS-CoV-2 est détecté dans des pangolins saisis dans la région du Guangxi en 2017[64].

Le braconnage, le trafic et le commerce de pangolins ont été suspectés dès février 2020 d'avoir joué un rôle déclencheur dans l'épidémie[64]. Selon une étude publiée mi-février 2020, dans le sud de la Chine, plusieurs coronavirus liés au virus de la COVID-19 (dont l'un étroitement apparenté pour son domaine de liaison aux récepteurs) ont été génétiquement identifiés dans des pangolins (Manis javanica) saisis lors d'opérations de lutte contre la contrebande[64]. La découverte faite à cette occasion de plusieurs lignées de coronavirus de pangolin et leur grande similitude avec le SARS-CoV-2 ont fait suggérer que les Pangolins devraient être considérés comme des « hôtes intermédiaires » possibles pour ce nouveau virus humain, et, selon Lam et al. « qu'ils devraient être retirés des marchés humides pour empêcher une transmission zoonotique »[64]).

Puis, sur la base d'une modélisation de sa protéine ACE2, cette possibilité a été mise en doute[208].

Puis une autre étude (mai 2020) a conclu à nouveau à une adéquation entre l'ACE2 du pangolin et la protéine S du virus, mais en ajoutant que le chat, le chien et le hamster de Chine (Cricetulus griseus) y sont également adaptés[10].

En juillet 2020, il est confirmé[41] que des coronavirus liés au SRAS-CoV-2 sont portés par des pangolins malais (Manis javanica), virus appartenant à deux sous-lignées de coronavirus liés au SARS-CoV-2, dont l'une présentant une grande similitude de domaine de liaison aux récepteurs avec le SARS-CoV-2, ce qui laisse penser que ce dernier coronavirus peut provenir d'un événement de recombinaison génétique impliquant des coronavirus liés au SRAS provenant à la fois de chauves-souris et de pangolins[209]. Une recombinaison et/ou une adaptation du SRAS-CoV-2 pourraient aussi s'être produites chez une troisième espèce à la fois en contact avec les chauves-souris et les pangolins. Début juillet 2020, on ne connait toujours pas avec certitude quelle est ou quelles sont la ou les « espèces-creuset » ayant permis l'émergence du SARS-CoV-2, pas plus que le moment exact de cette émergence.

Le rôle écoépidémiologique du pangolin dans la transmission du SARS-CoV-2 est encore à préciser. S'il est confirmé, ce rôle sera sans doute différent de celui tenu par le dromadaire pour le MERS-CoV, car les CoV-bêta identifiés chez les pangolins sont hautement pathogènes pour cet animal (qui ne serait donc qu'un hôte sans issue pour les bêta-CoV liés au SARS-CoV-2, similaires à la Civette palmiste dans le cas du SARS-CoV-1)[8]. Il pourrait être (éventuellement parmi d'autres) un « hôte amplificateur » et « intermédiaire » pour le nouveau virus SRAS-CoV-2[8]. S'il n'est pas en cause, il resterait à surveiller, car s'il continue à être chassé et mis en contact avec l'Homme ou des animaux domestiques, il est potentiellement un creuset pour l'apparition d'un autre coronavirus infectieux et à potentiel pandémique pour l'Homme.

Pour beaucoup de zoonoses, le lien infectieux entre humains et animaux est réciproque.

Deux cas de figure aux enjeux très différents sont celui de l'animal de compagnie et celui de l'animal d'élevage (destiné à produire de la viande, du lait, du cuir…). Entre ces deux catégories existe celle des élevages d'animaux de compagnie, vendus en ligne ou via les animaleries.

Enjeu : proches de l'homme pour le chien et le chat et des enfants notamment, surtout lors du confinement, le chien de chasse et le chat (quand il ramène des souris, musaraignes, jeune rats…) pouvant être intermédiaire entre animal sauvage et l'humain. Le léchage de la part de l'animal, le contact par les caresses sont alors fréquents. questions : peuvent ils être condamnés par l'homme, le contaminer en retour, en étant porteur sain ? De manière générale, sauf évènement mutationnel peu probable, les coronavirus, comme le virus de la grippe semblent avoir besoin d'hôtes intermédiaires (toujours des mammifères dans le cas du coronavirus, à la différence du virus grippal) pour s'« humaniser », c'est-à-dire muter et acquérir la compétence de pouvoir infecter l'Homme ;
Des hôtes intermédiaires connus (ou supposés tels) ont été trois animaux domestiqués :

• des bovins pour HCoV-OC43[17] ; on a constaté dans les années 2000 que dans le monde un grand nombre d'espèces (Humain y compris) sont couramment infectées par des virus étroitement apparentés au coronavirus bovin[38].
• l'Alpaga pour HCoV-229E[17] ? Cette hypothèse souvent reprise, voulant que l'Alpaga aurait acquis le virus d'une Chauve-souris avant de le transmettre à l'Homme, n'est pas consensuelle : l'Alpaga (animal semi-domestiqué) pourrait aussi avoir acquis le virus HCoV-229E directement de l'Homme (car d'une part un faisceau de données plaide pour une transmission directe de la Chauves-souris à l'humain ; et d'autre part les Alpagas ont bien moins de contacts proches avec les chiroptères que l'Homme n'en a ; et enfin, l'alpaga-CoV n'a pas été retrouvé chez les animaux sauvages alors que les Alpagas élevés par l'Homme ont subi une épidémie[9]. La transmission directe du virus, de la Chauves-souris à l'homme, n'aurait rien de surprenant ; cela a déjà, accidentellement, été le cas pour la rage, Ebola, le virus Nipah et le virus Hendra[7].
• le Dromadaire pour le MERS-CoV[17].

Et un animal chassé ou braconné (la Civette masquée dans le cas du SRAS-CoV[17]).

Par rapport à l'ensemble des virus à ARN, le SARS-CoV-2 présente (comme tous les CoV) une capacité de mutation modérée à élevée. L'épidémiologie moléculaire se sert de ces mutations pour suivre la propagation mondiale et l'évolution des souches virales et détecter d'éventuelles mutations qui pourraient éventuellement rendre des lignées plus virulentes et/ou plus contagieuses et/ou compliquer la réalisation de vaccins et de médicaments efficaces, « en altérant la capacité des anticorps et des lymphocytes T à reconnaître l'agent pathogène »[217]. Ces mutations sont notamment répertoriées par l'Université de Glasgow[217].

Il semble aussi que les CoV mutent plus que la moyenne quand ils ne sont pas bien adaptés à leur hôte[218].

Cependant selon les données acquises de janvier à mai 2020, le SARS-CoV-2 mute un peu moins vite que le SARS-CoV-1[219]. Ceci suggère que le nouveau SARS-CoV-2 (également un peu moins virulent), est plus adapté à l'homme que le SARS-CoV-1 (Selon zi-Wei et al. (2020) « vraisemblablement, il a déjà été adapté à un autre hôte proche des humains (…) cela s'applique également au MERS-CoV, qui est bien adapté aux dromadaires »[8]).

Parmi les mutations du virus, on ignore la part de celles qui seront viables. On ignore aussi la part des mutations naturelles et spontanée (erreurs « normales » de copies de l'ARN) par rapport aux mutations supplémentaires possiblement dues à des agents mutagènes capables soit d'endommager l'ARN viral, soit d'altérer la machinerie cellulaire détournée par le virus pour se faire répliquer. On a cependant évalué le taux global de substitution moyen des génomes des CoV connus : il est d'environ 10⁻⁴ substitution par an et par site (un coronavirus moyen mute environ un million de fois plus souvent que son hôte)[220]. Ce taux de mutation varie selon la phase et le degré d'adaptation du virus à son hôte[8] (ou nouvel hôte dans le cas d'une maladie émergente).

Chez les CoV, la suppression de l'exoribonucléase de relecture, entraîne une très haute mutabilité. La plupart des mutants sont non viables, mais plus ils sont nombreux, plus le risque d'apparition d'un nouveau variant ou d'un nouveau virus dangereux existe. En 2020, Patrick C Y Woo et al. (qui ont étudié les sauts inter-espèces des CoV) notent que le Remdésivir (médicament proposé pour la COVID-19) est justement un analogue nucléotidique inhibiteur de cette exoribonucléase (et de l'ARN polymérase ARN-dépendante)[221].

Parmi tous les virus, les CoV ont un ARN inhabituellement long et complexe. Leur diversité semble en grande partie due à leur mutabilité et à la recombinaison à haute fréquence d'ARN. Ces recombinaisons semblent spontanées, et surviennent même en l'absence de pression sélective[222]^,[223].

Des preuves phylogénétiques de recombinaisons naturelles existent chez les CoV. Elles sont documentées chez des CoV d'animaux (tels que bat SL-CoV et batCoV-HKU9[224]), mais aussi chez des Cov infectant l'Homme (à la fois pour les virus HCoV-HKU1 et HCoV-OC43)[225].

Les génomes de CoV contiennent de nombreux cadres de lecture ouverts uniques, et des fonctions protéiques encodent vers l'extrémité 3' du génome (zone connue pour jouer un rôle important dans d'autres pathologies virales)[226].

En outre les CoV changent aléatoirement et fréquemment de modèles lors de la réplication de leur ARN. Ils le font grâce à un mécanisme unique de « choix de copie ». Quand l'hôte sert de creuset de recombinaison, la commutation de brin d'ARN se produit fréquemment lors de la transcription d'ARN. De longs morceaux d'ARN et/ou de courtes unités sous-génomiques hautement homologues peuvent alors se recombiner pour générer de nouveaux CoV.

Ces recombinaisons, comme les mutations, sont probablement souvent la plupart du temps délétères ou neutres pour le virus, mais elles permettent parfois l’émergence de sérotypes et de biotypes efficaces (à partir d’ARN homologue, par échange de séquences correspondantes entre des CoV apparentés)[227]^,[228]. Par exemple un nouveau coronavirus, responsable de bronchites aviaires, détecté dans les années 1990, s'est avéré, selon Jia et al. (1995), être issu de la recombinaison d'ARN provenant de trois souches différentes de coronavirus[229]^,[230]. De plus, quand une cellule est co-infectée par plusieurs virus différents, des recombinaison d’ARN hétérologues (c'est-à-dire entre ARN de coronavirus et ARN provenant de sources qui ne sont pas des coronavirus) sont possibles. Quand elles sont « viables », ces recombinaisons sont neutre ou apportent de nouveaux gènes permettant éventuellement l'apparition d'une souche émergente de coronavirus, voire d'un nouveau coronavirus, dotés de propriétés nouvelles[231]^,[232].

Cette épidémie de vomissements intenses a commencé à sévir chez les chiens anglais avant l'apparition de la COVID. Elle est due à un autre coronavirus (signalé quelques mois avant la COVID au R-U). C'est une exemple de coïncidence temporelle entre deux épidémies à coronavirus, causée par deux virus potentiellement susceptibles de se recombiner s'il y a co-infection chez le chien, or de chiens se sont ailleurs montrés infectés par le SARS-CoV-2. Les symptômes de l'épidémie canine sont une léthargie associée à une perte d’appétit prolongée, avec vomissements intenses, et parfois diarrhée. Le réseau de surveillance vétérinaire des petits animaux (SAVSNET) a aussi repéré une épidémie de maladie gastro-entérique non spécifique, probablement à partir de novembre 2019 environ, et hors du bruit de fond des fluctuations normales de la maladie entérique saisonnière du chien (ce pourquoi on parle ici d'épidémie) a identifié comme responsable un coronavirus entérique canin (dit CECov pour « canine enteric coronavirus »).

• 16 chiens sur 39 premiers testés (PCR), soit 41 %, étaient positifs pour le CECoV (alors que 0 de 16 cas-contrôle l'étaient).
• Les fèces et le vomi donnaient plus souvent des résultats positif que les écouvillons oraux.
  Le CECoV est une cause connue (depuis plus 10 ans) de diarrhée plutôt légères ou d'infections inapparentes, mais c'est une cause beaucoup plus rare que le CPV (Canine parvovirus). Le CECoV n'est PAS lié aux coronavirus humains connus, dont au SARS-CoV-2 récemment apparu[233]^,[234].

Il y a un consensus scientifique sur le fait que certaines espèces sauvages sont naturellement presque constamment porteuses de coronavirus (avec lesquels elles ont coévolué durant des milliers d'années), sans en être significativement affectées[18].

Les séquences génomiques de coronavirus disponibles et les études faites dans le milieu naturel indiquent qu'il existe au moins deux grands groupes animaux (il pourrait en exister d'autres non encore testés) formant le « réservoir » principal des CoVs en général ;

1. les chiroptères : hôtes naturels du HCoV-NL63 et du HCoV-229E[17] ;
2. les rongeurs : hôtes naturels fu HCoV-OC43 et HKU1[17]).

Un premier indice, pour le cas particulier du SARS-CoV-2 est qu'il semble avoir émergé (en 2019) dans un contexte propice à l'émergence d'une nouvelle zoonose.

Les enquêtes épidémiologiques rétrospectives montrent que parmi les premiers malades chinois, beaucoup avaient été directement ou indirectement exposés à du gibier sauvage, à des fruits de mer ou à des oiseaux et mammifères vivants, vendus sur le marché de gros de fruits de mer de Huanan (fermé par la municipalité après le début de l'épidémie de COVID-19 le 1^er janvier 2020 ; c'est le plus grand marché de fruits de mer du centre de la Chine[261], mais il était surtout apprécié pour sa viande de brousse (ye wei en chinois) et la vente d'animaux exotiques très demandés en Chine[262]. Une photographie prise sur ce marché[263] montre les prix de 112 « articles » vendus dont des mammifères (porc, chameau, mouton, cerf, kangourou, lapin, castor, rat, porc-épic, marmotte, blaireau, loutre, civette, chien, renard, louveteaux, hérisson), des oiseaux (volaille, autruche, paon, faisan), des reptiles (crocodile, tortue, divers serpents y compris bungarus multicinctus), des amphibiens (grenouilles, salamandre géante), des arthropodes (cigale, scorpion, scolopendre), etc[261]^,[262]^,[264]^,[265]^,[266]^,[263]^,[267]^,[268]^,[269]^,[270].

Ces marchés sont dits marchés humides car ils vendent traditionnellement en plein air des animaux morts et vivants, accessible aux rats, mouches, chats et oiseaux, où le sang et d'autres liquides corporels issus de différentes espèces représentent une source exceptionnelle de propagation de maladies infectieuses voire de saut des barrières d'espèces et de recombinaison génétique d'agents pathogènes tels que bactéries et virus zoonotiques[36]. Les camélidés et civettes figurant dans la liste ci-dessus d'animaux vendus sur ce marché sont connus pour être hôtes intermédiaires du SRAS et du MERS, tous deux à l'origine d'un début de pandémie.

Au moins cinq autres hôtes intermédiaires ont d'abord été envisagés comme "hôte" possibles de recombinaison et humanisation du virus : deux espèces de Chauves-souris, le Pangolin[64], la civette palmiste, le dromadaire et Homo sapiens lui-même. Le dromadaire sera exclu de cette liste en mai 2020[10].

Des indices sur la relation virus-animal sont fournis par l'étude - chez certaines espèces - des récepteurs que le virus utilise pour s'accrocher à la surface des cellules de son hôte (cellules du poumon ou du tube digestif).
Ces récepteurs jouent le rôle d'une « serrure » pour laquelle la « clé » du virus doit être adapté ; ils sont donc d'un déterminant majeur de la capacité infectieuse du virus et du risque épidémique ou pandémique[66].
Mi-mars 2020 on savait déjà à ce propos que :

• chez l'humain, tout comme chez Rhinolophus sinicus (chiroptère), chez la Civette et le porc (mais pas chez la souris), l'Enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) est le récepteur qui permettait aux précédents coronavirus « humanisés » de pénétrer ses cellules-cible[271], même si le mécanisme précis « in vivo » est encore mal compris[116] ;
• deux autres études ont montré (ou prédit) que le virus 2019-nCoV cible l'ACE2 humain de la même manière que le faisait le SRAS (SARS-CoV), c’est-à-dire principalement via les glycoprotéines de pointe du virus (dites protéines S)[272]^,[273] ; ces protéines S mutent régulièrement. Parfois une mutation leur permet de se fixer aux récepteurs de cellules-cibles d'autres espèces ; le virus peut alors franchir la « barrière des espèces »[274]^,[275] ;

L'enveloppe du SARS-CoV-2 abrite dans sa « glycoprotéine de pointe » « S » un site très particulier, dit de « clivage de la furine polybasique »[110] (la lettre S provient du mot anglais Spike), site qui semble expliquer sa pathogénicité pour l'homme et d'autres espèces (certains grands singes notamment).

Deux premières études (de type génomique) publiée par le Journal of Proteome Research par des chercheurs de Guangzhou (Chine) ont d'abord conclu à une forte probabilité que l'espèce intermédiaire dans laquelle l'humanisation du SARS-CoV-2 aurait eu lieu soit le Pangolin (mammifères à long museau et couvert d'écailles, très utilisé en médecine traditionnelle chinoise, fortement chassé et braconné en Chine du Sud et en Afrique), et non pas un serpent ni une tortue[208], mais il s'avèrera ensuite (sur la base de modélisation de protéines par homologie)[276] que l'ACE2 du Pangolin n'est pas optimalement configurée pour se lier à la protéine Spike du virus. Toujours sur la base de la modélisation protéique, l'espèce intermédiaire pourrait aussi appartenir aux Bovidae ou aux rongeurs du groupe des Cricetidae, plutôt qu'aux porcins, selon trois chercheurs de l'université de Shandong (Luan et al. ; 1^er avril 2020) qui, en se basant sur les caractéristiques de leurs protéines ACE2, estiment que les Bovidae et les Cricetidae (hamster doré notamment) devraient faire partie des hôtes-intermédiaires à dépister pour le SARS-CoV-2[208] (ce groupe inclut notamment les campagnols, rats et souris, vecteurs de nombreux autres virus et autres pathogènes) ; Ces mêmes auteurs notent que (outre l'ACE2 des primates) l'ACE2 des cétacés est également (toujours d'après une modélisation) « reconnu » par le SARS-CoV-2. Or, une sous-espèce endémique, rare et menacée de cétacé (Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis, dit marsouin du Yangtze), dulçaquicole, vit dans les cours inférieurs du fleuve Yangtze et de ses lacs, non loin de Wuhan[277] ; les auteurs suggèrent de voir s'il est infecté par le SARS-CoV-2 ou par un coronavirus apparenté.

Une autre études (Nature, avril 2020) montre que le Pangolin de Malaisie (Manis javanica) porte bien un coronavirus très proche du SARS-CoV-2, mais il n'est pas le seul. On a ensuite montré que les Pangolins portent deux lignées phylogénétiques de coronavirus proches du SARS-CoV-2 (PCoV-GX et PCoV-GD)[278]^,[279]^,[280]^,[207]. La protéine de pointe de la lignée PCoV-GD présente un motif de liaison aux récepteurs quasi identique à celui de SARS-CoV-2[5], mais le génome complet de ces coronavirus « de Pangolins » n'ont que 85,5% à 92,4% d'homologie nucléotidiques avec le SARS-CoV-2 (alors que le SRAS-CoV-1 et le MERS-CoV avaient avec la civette palmiste et le dromadaire 99,6% et 99,9%% d'homologie de séquence du génome avec leur homologue humain[281]^,[282]. Les Pangolins testés début 2020 ne sont donc probablement pas l'hôte intermédiaire direct du SARS-CoV-2. Il reste à déterminer si le SARS-CoV-2 provenait d'autres Pangolins ou d'autres espèces d'animaux sauvages[5].

Des confirmations épidémiologiques et pathogenénétiques nécessiteront du temps, mais il y a consensus sur le fait qu'exposer des dépouilles d'animaux sauvages ou ces animaux vivants sur les marchés, de même que les transporter et les consommer devrait être « strictement prohibé ».

Mi-avril, 14 espèces de mammifères avaient été plus finement étudiées du point de vue des caractéristiques de leur récepteurs ACE2[5]. Plusieurs de ces espèces présentent des caractéristiques de vulnérabilité au virus SARS-CoV-2 ; les espèces les plus sensibles étaient l'Humain et le singe rhésus, et les moins sensibles étaient le rat et la souris[119] ; et parmi les autres espèces l'ACE2 du lapin et du Pangolin se sont fortement liée à la sous-unité S1 de la protéine SARS-CoV-2 S (avec en outre une infection expérimentalement constatée)[5].

Le lapin, un lagomorphe très chassé de par le monde, proie éventuelle du Vison (également vulnérable au virus de la COVID-19), facilement en contact avec des fumiers, lisiers et résidus d'épuration épandus sur les champs ou prairies, et qui fait en France l'objet d'introductions pour la chasse de loisir ("garennes artificielles") et de nombreux d'élevages pour sa viande, sa peau ou son poil angora), présente un ACE2 qui pourrait le rendre très vulnérable au virus pandémique[5]. La Chine est devenue leader mondial pour la production de fourrure de lapins, dont dans la ville de Daying[283] et celle de Zhangjiakou (qui devrait, avec Pékin, accueillir les JO d'hiver de 2022) s'est fait une spécialité de son élevage dans des clapiers industriels qui jouxtent souvent des élevage de visons (« l'industrie des peaux, qui avait prospéré sous la dernière dynastie impériale Qing, emploie toujours 70 000 personnes dans la région (…) qui devrait générer cette année plus de 5 milliards de yuans (734 millions d'euros) de revenus, selon le gouvernement provincial. »[284] ; Or le vison est également sensible au virus comme l'ont montré aux Pays-Bas deux infestations de fermes d'élevages de visons par le virus (deux fermes distantes). De plus des élevages ont été dénoncés pour leurs mauvaises pratiques (allant jusqu'à l'écorchage d'animaux encore vivants)[284]^,[283]

Parmi les primates Hominidés, dont font partie l'être humain, les chimpanzés, les gorilles et les orangs-outans ont une forte proximité génétique avec l'humain (98,5 % pour le chimpanzé et le gorille et 96 % pour l'orang-outan). Ceci fait redouter une éventuelle transmission à des populations déjà très affaiblies. On savait le gorille déjà sensible à d'autres coronavirus humains, comme HCoV-OC43 et plus généralement aux virus humains, comme le virus Ebola, ayant déjà tué le tiers des gorilles[285]. Des mesures de protection ont été prises en République démocratique du Congo pour protéger l'espèce très menacée du gorille de montagne, avec la fermeture du parc naturel des Virunga qui les accueille, et ce jusqu'au 1^er juin 2020. Le Rwanda a pris des mesures équivalentes mais qui ont été même élargies aux recherches scientifiques. De son côté, l'Ouganda n'a pas pris de mesures particulières[286]. Les jardins zoologiques ont généralement été fermés au public, et les soigneurs ont adopté des pratiques de précaution. En mars 2020, les scientifiques jugaient le risque de complications élevé[286], d'autant plus que la mise sous respirateur serait impossible et que la distanciation physique entre primates est difficile[287]. Les deux premiers cas de Gorilles testés infectés en zoos ont été signalés début 2021 à San Diego (mis en quarantaine, avec toux et faible congestion)[182].